Лишившись пороха, индейцы решили искать пути к миру. Но тлинкиты не освобождали оставшихся у них в плену с 1802 г. пленных кадьякцев, не давали надежных аманатов (заложников) и отказывались сдать свою крепость, чего требовал от них А.А Баранов. А тут еще за несколько дней до переговоров они захватили байдарку с двумя аляскинцами и на глазах у байдарочников Баранова отрезали у них для устрашения головы. Поэтому Баранов принял решение взять индейскую крепость штурмом, несмотря на уговоры Ю. Ф. Лисянского отказаться от активных боевых действий и ограничиться только артиллерийскими обстрелами индейских укреплений.
1 октября суда подошли к тлинкитскому укреплению, где засело несколько сот индейских воинов вместе со своими семьями, и начали его бомбардировку из корабельных орудий. Но ядра небольших корабельных орудий почти не пробивали толстый частокол индейской крепости, а сами индейцы укрылись в глубоких ямах и подземных ходах, соединявших дома внутри укрепления.
С «Невы» был высажен на берег десант из военных моряков с пушкой под командой лейтенанта П. П. Арбузова В это время А. А. Баранов и лейтенант П. А. Повалишин (офицер с «Невы) во главе русских и туземцев-байдарочников при поддержке четырех орудий наступали на крепость с другой стороны. Тлинкиты отвечали сильной стрельбой из ружей и фальконетов. Несмотря на огонь индейцев, орудия русских были подтянуты к воротам крепости, и начался ее штурм. Индейцы усилили ружейный огонь. Кадьякцы и некоторые промышленники, не выдержав его, стали отступать, а кое-кто даже обратился в бегство. Тлинкиты, заметив это, открыли ворота и бросились в атаку во главе со своим вождем Катлианом. Ю. Ф. Лисянский, находившийся на своем корабле, приказал корабельной артиллерии прикрыть отступление отрядов Баранова и Арбузова, которые отошли от крепости.
На следующий день тлинкиты, ободренные успехом, открыли пушечный огонь по кораблю и судам у берега, но не смогли добиться попаданий. Русские периодически открывали ответный огонь по крепости. Индейцы, видя невозможность снятия осады своей крепости, уже 3 октября начали переговоры о мире, высылая к русским время от времени заложников — аманатов и пленных кадьякцев. А ночью 7 октября они бежали через горы на восточную часть острова, оставив крепость русским. На другой день она была разграблена туземцами байдарочной флотилии и по приказу Баранова сожжена. В качестве трофеев русским досталось два фальконета и до 20 каноэ.
