Правда, длительное пребывание кораблей у острова Св. Екатерины могло привести к тому, что корабли при обходе мыса Горн могли попасть в период сильных штормов. Ранее Крузенштерн предполагал обойти мыс Горн в январе, а из-за задержки это возможно было сделать не ранее марта
4 февраля корабли снялись с якоря и проследовали на юг. Крузенштерн особо отмечает чрезвычайную неутомимость астронома И. К. Горнера, «с каковой старался он все время определять широту и долготу места корабля нашего. Если днем солнце было закрыто, то он непременно определял широту и долготу ночью. Часто, а особливо около мыса Горна, видев его в самую холодную и неприятную погоду, стоявшего с непобедимым терпением во всей готовности изловить, так сказать, солнце между облаками, я просил его оставить деланные им, иногда без всякого успеха, покушения, но он редко внимал моей просьбе. Во все время сего нашего плавания очень мало проходило дней, в которые не было определено точное место корабля небесными наблюдениями. Не дружба, связывающая меня с господином Горнером, но самая справедливость обязывает меня упомянуть о таковой его неусыпности» [3, с 106].
21 февраля после свежего ветра, продолжавшегося около 6 часов, «Нева» просигналила, что на ней повредился грот-марсарей и что необходимо заменить его новым Крузенштерн приказал лечь в дрейф до окончания работы, которая завершена была в 6 часов вечера После этого корабли продолжили плавание на юг.
Наконец после четырехнедельного плавания от о. Св. Екатерины 3 марта 1804 г. корабли обошли мыс Горн и направились в Тихий океан. Едва ли кто-либо в столь краткое время совершал подобное. Безусловно, для парусных кораблей многое зависело от погоды. Но 24 марта, когда корабли лежали на курсе северо-запад, подул крепкий ветер, и при весьма сильном волнении и туманной погоде корабли потеряли друг друга из виду. Такая бурная и туманная погода держалась довольно продолжительное время. Хотя на «Надежде» начали подавать сигналы пушечными выстрелами, однако ответов с «Невы» не услышали.
Такая неблагоприятная погода продолжалась беспрестанно до 31 марта Корпус «Надежды» от сильной качки терпел много. Каждый день приходилось отливать из корабля воду, а прежде это выполнялось не чаще двух раз в неделю. Только 31 марта на «Надежде» из-за погоды удалось наблюдать лунные расстояния, чтобы определить местонахождение корабля.
Попадание в трюм «Надежды» забортной воды могло привести к повреждению перевозимых там грузов для РАК. И Крузенштерн утвердился в мысли об изменении маршрута движения корабля с целью максимально возможного сокращения времени пребывания в плавании до прихода в Петропавловск-Камчатский и сдачи там этих грузов. Между командирами кораблей экспедиции существовала договоренность в случае потери из вида друг друга встретиться у о. Пасхи. Но Крузенштерн решил не заходить туда, а направиться прямо к следующему намеченному месту встречи — к Маркизским островам.
