В своей системе общественного здравоохранения Вирхов придавал большое значение правильной организации больничного дела. Больницы, по его мнению, должны выполнять три важнейших задачи: давать правильное лечение населению, быть местом обучения для молодых врачей и служить базой научно-исследовательской медицинской работы. Ясно, что для выполнения такой роли больничное дело должно быть хорошо организовано. Раз больницы не поставлены правильно, тогда «уже нечего толковать о том, что общественное здравоохранение существует».
Для того чтобы такая совершенная система здравоохранения могла правильно работать, необходим орган, который руководил бы этой сложной работой. Вирхов горячо высказывался за необходимость создания имперского министерства общественного здравоохранения, ответственного за постановку всего медицинского дела в Германии. Вирхов, таким образом, высказал ту идею, которую осуществила в 1918 году советская власть созданием Народного комиссариата здравоохранения — первого во всей истории человечества учреждения, которое объединило и возглавило все медицинское дело в стране.
Характерно, что, ратуя за общегерманский медицинский орган, Вирхов в то же время высказывался против создания прусского министерства здравоохранения. Он боялся «бумажного царства, громадной армии тайных и нетайных, младших, старших и средних советников», которые в бюрократической трясине загубят живое дело: так напугали Вирхова с малых лет, еще с гимназической скамьи, прусские бюрократы. Вирхов мыслил, что верховный орган управления будет рассматривать все вопросы по двум линиям: по научной и по административной. Для разрешения научных вопросов он проектировал создание особой медицинской академии, полувыборной, состоящей из вполне компетентных научных работников различных специальностей. Административные и технические дела должны решаться в специальном Совете министерства здравоохранения.
Большое значение Вирхов придавал подготовке кадров. Он требовал со стороны государства самого активного участия и контроля в этом деле. Он не допускал возможности получения врачебного диплома без самой строгой проверки кандидата со стороны государства, опасаясь, что иначе образуется профессия «свободной торговли человеческим мясом». Доступ к медицинскому образованию должен быть широко открыт всем желающим. Медицинское образование должно быть общедоступным и бесплатным. Не для Brodstudium (хлебного ремесла) должно существовать медицинское образование, а для подготовки людей, выполняющих самые важные функции общественного здравоохранения. Если бы медицинские учреждения существовали для того, чтобы подготовлять людей, учащихся, «как больным облегчить карманы», тогда государству нечего поддерживать такие учреждения. Метод преподавания на медицинских факультетах должен покоиться на естественнонаучных основаниях, без всяких неоправданных предположений и умозрений. Анализ фактов и логический вывод из втих фактов — вот, что должно лечь в основу практической деятельности врача.
