В 1710 году под угрозой надвигавшейся на Берлин чумы был выстроен громадный бревенчатый барак для больных. Этот барак постепенно разрастался в громадную больницу, и во время Вирхова он превратился уже в знаменитую королевскую больницу Charité с числом кроватей свыше 1800. Будучи больницей преимущественно для бедного населения, Charité была связана с одной стороны с университетом, с другой — с Институтом Фридриха-Вильгельма, ибо богатые больные других больниц неохотно соглашались служить объектом для обучающихся студентов и для разного рода исследований. В Charité преподавали таким образом профессора университета и института; обязанности же младших ординаторов исполняли только что окончившие молодые военные врачи, которые прикомандировывались к больнице институтом.
В эту-то больницу и поступил Вирхов по окончании института. Он взял на себя обязанности ассистента при патологоанатомическом институте Charité. Это было как раз то, чего желал Вирхов и что его особенно интересовало. На его обязанности (помощника прозектора) лежало патологоанатомическое изучение трупов. Такое исследование раскрывало сущность данного болезненного процесса, проверялся диагноз и способ лечения, словом патологоанатомическое исследование помогало клинике. Патологоанатома считали «судьей» клинициста. Исследование трупов сопровождалось анализом выделений организма — крови, мокроты, мочи и т. д. Таким образом, помогая раскрытию сущности болезненного процесса, патологическая анатомия дает богатый материал для улучшения методов распознавания болезней и их лечения.
Вирхов с жаром занялся этой новой для него отраслью деятельности. Он произвел целый ряд научных работ — о свертывании крови, о закупорке кровеносных сосудов, о воспалении артерий и т. д., и все эти работы были строго выдержаны в естественноисторическом направлении и аргументированы целым арсеналом патологоанатомических доказательств. Вокруг Вирхова начинают группироваться молодые врачи, сторонники его направления, новаторы в медицине. Через полтора года после поступления в больницу Вирхову поручили произнести публичную речь на торжественном заседании второго августа 1845 года в честь пятидесятилетия Института Фридриха-Вильгельма. Вирхов выбрал для этой речи тему: «О необходимости и правильности медицины, обоснованной механической точкой зрения» («Über das Bedürfniss und die Richtigkeit einer Medicin vom mechanischen Standpunkt»).
