Среди слушателей Пастер увидел Роберта Коха, глаза которого за золотыми очками скептически улыбались. Заметив эту улыбку, Пастер, чтобы предотвратить атаку, сделал попытку втянуть Коха в публичную дискуссию, зная, что Кох более силен в бактериологической технике, чем в словесной дискуссии. Кох встал, откашлялся и сказал: «Я предпочту ответить г. Пастеру на его доводы письменным докладом в самом ближайшем будущем» — и сел на место.
Вскоре действительно последовал ответ. Кох в полуироническом тоне начал с того, что ему удалось приобрести у агента Пастера небольшое количество так называемой вакцины сибиреязвенной болезни. Пастер говорил, что его вакцина убивает мышей, но не морских свинок; Кох испробовал ее, оказалось, что она бессильна убить даже мышонка, а некоторые образцы, наоборот, легко убивали овцу. Пастер говорил, что его вторая вакцина убивает морских свинок, но не кроликов; оказалось, что она убивает не только кроликов, а иногда и овцу, которую Пастер пытался спасти этой вакциной от смерти. Ясно, что его вакцины, кроме сибиреязвенных, содержат и другие бактерии. Кох иронически заметил, что он «подверг тщательному анализу эту вакцину и обнаружил, что она представляет собой настоящий зверинец из самых разнообразных кокков, бацилл и других микробов». «Если Пастер так стремится к истине, — вопрошал Кох, — то почему он ничего не сообщает о массе печальных результатов применения им вакцин? Такой образ действий может быть годится для рекламирующей себя торговой фирме, — закончил Кох свою статью, — но наука должна отнестись к нему с самым суровым осуждением».
Уязвленный Пастер разразился гневным ответом. К сожалению, он не опровергал (и, вероятно, не мог опровергнуть) фактических указаний Коха. В страстной полемике он пытался унизить Коха: «Еще в 1856 году, — писал Пастер, — за двадцать лет до научной зрелости Коха, я занимался изоляцией и выращиванием микробов в чистом виде; и я считаю просто смешным придавать какое-либо значение инсинуации Коха о том, что я не умею приготовлять чистые культуры».
Полемика между Кохом и Пастером превратилась скоро в полемику между Францией и Германией. Спор между учеными двух стран буржуазия этих стран попыталась использовать для разжигания патриотического угара и для натравливания одной страны на другую, сея вражду между народами. Пастер был спешно избран во Французскую академию. В день появления Пастера в Академии, он был встречен приветствием известного в то время французского философа и историка Эрнеста Ренана. Ренан назвал Пастера гением, сравнил его с величайшими людьми истории и в заключение обратился к седовласому, уже парализованному, но пылкому Пастеру с мягким увещеванием: «Истина, сударь, — это одна из величайших кокеток, — сказал он. — Никогда не следует слишком страстно ее домогаться, ибо она чаще и охотнее отвечает на холодное равнодушие. Она часто ускользает, будучи почти уже пойманной, и в то же время приходит сама, чтобы отдаться терпеливому ожиданию. Она нежданно возвращается после прощальных слов разлуки, но остается жестокой и неумолимой к своему вечному пылкому обожателю».
