В ряде положений уголовно-процессуального закона А. Ф. Кони видел требования нравственности (право близких родственников и супруга обвиняемого устраниться от дачи показаний о нем, недопущение к свидетельству защитника в отношении признания, сделанного ему обвиняемым во время производства по делу, право обвиняемого на молчание и недопустимость принять это молчание за признание им своей вины и т. д.).
А. Ф. Кони стремился привить нравственную чуткость судье, развивать в нем стремление не только казаться, но и быть справедливым. Судья никогда не должен забывать, что подсудимый почти никогда не находится в спокойном состоянии, что следует всегда учитывать состояние потерпевшего, оскорбленного в своих лучших чувствах, а также состояние свидетелей, большинство которых теряется в необычной, торжественной обстановке суда, и потому надо уметь «вернуть спокойствие и самообладание одним, поддержать бодрость в других».
Он рекомендовал судьям относиться с уважением к науке и ее представителям на суде в лице экспертов, не допуская как рабского преклонения перед авторитетом, так и вредного самомнения. Он стремился к тому, чтобы в осуществление правосудия «вносился вкус, чувство меры и такт, ибо суд есть не только судилище, но и школа».
А. Ф. Кони боролся против переоценки доказательственного значения признания обвиняемым своей вины. «Нравственный долг судьи, — писал он, — не идти слепо по пути «собственного сознания»… свободно, вдумчиво и тревожно исследовать, в чем кроется истинный источник этого доказательства». В связи с этим А. Ф. Кони рассматривает вопрос о доказательственном значении дневника обвиняемого. Хотя закон разрешает пользоваться дневником как доказательством, А. Ф. Кони считает, что, с точки зрения нравственной, «дневник очень опасное, в смысле постижения правды, доказательство».
Он видел нравственную сторону не только в деятельности судьи, но и в деятельности «его ближних помощников» в исследовании истины — обвинителя и защитника. Он предостерегал против слепого подражания русских обвинителей западным образцам, против перенесения «на русскую почву страстных и трескучих приемов французских обвинителей, столь часто обращающих свое участие в судебных прениях в запальчивую травлю подсудимого». Он желал видеть в слагающемся после судебной реформы 1864 года русском типе обвинителя черты спокойствия, отсутствия личного озлобления против подсудимого, опрятности приемов обвинения, чуждых к возбуждению страстей и искажению данных дела, объективности и беспристрастности. А. Ф. Кони часто называл прокурора — государственного обвинителя «публично говорящим судьей». Эта крылатая фраза раскрывает судейскую объективность и беспристрастность, которые должны быть присущи прокурору.
