Слабость словарных кодов, особенно алфавитных, в Европе прекрасно понимали ещё в XIX веке. В связи с этим при передаче секретных сведений радиограмма, составленная по сигнальной книге, дополнительно «закрывалась» каким-либо шифром (как говорят специалисты — перешифровывалась). В германском флоте с первых дней войны использовался для этой цели шифр простой (взаимооднозначной) замены. Зашифрованный текст отделялся от остальной части радиограммы вспомогательным сигналом, или знаком альфа, который означал: «Далее следуют сигналы по шифру военного времени». Кроме этого, конец шифротекста обозначался вспомогательным знаком общего шифра. Правилами сигнальной книги допускалось использование и других шифров, например, шифра главного командования.
Здесь уместно ещё раз подчеркнуть, что ни один шифр военного времени не был захвачен на «Магдебурге». Любые иные версии, встречающиеся в военно-исторической литературе, не подтверждаются архивными документами.
Ценным дополнением сигнальной книги являлись найденные на «Магдебурге» секретные карты квадратов. Для непосвящённого читателя поясним, что в военном деле любую информацию координатного характера во многих случаях бывает удобно передавать не в виде географических координат места (широта, долгота), а в привязке к некоей условной системе координат, известной только определённому кругу корреспондентов. В этом случае даже перехват и успешная дешифровка радиограммы не позволяют противнику получить полную информацию о местоположении упомянутого в ней объекта.
Одной из наиболее распространённых в период Первой мировой войны систем условных координат являлась сетка квадратов, которая, будучи наложенной на обычную карту района боевых действий, давала возможность передавать информацию о координатах в виде номера соответствующего условного квадрата. В германском флоте использовалась карта-сетка с размерами квадрата 10 минут по долготе и 5 минут по широте. Весь морской театр боевых действий делился на районы (большие квадраты), обозначенные арабскими цифрами. Например, карта Балтийского моря (без Финского и Ботнического заливов) включала районы 1, 5, 6, 8, 9. Каждый квадрат внутри района получал индивидуальный номер, состоявший из трёхзначного числа и буквы греческого алфавита.
Итак, обе найденные сигнальные книги были без ключа — особой таблицы, по которой коды меняются каждые 24 часа. Предстояла сверхсложная задача — вычислить алгоритм постоянно меняющегося ключа дня и уже с его помощью дешифровать немецкие сообщения. Делалось это по принципу, весьма не сложному. В конце каждых суток буквенно-цифровые колонки «базисного» кода перемещались на несколько позиций вверх или вниз, и в результате первоначальные сочетания символов изменялись до неузнаваемости. Поэтому для чтения германских шифрованных радио надо было не только иметь сигнальную книгу, но и знать некую числовую таблицу, задающую смещение колонок. Эту таблицу условно называли ключом дня. За решение данного вопроса взялся начальник службы связи Балтийского флота, капитан 1-го ранга Непенин.
