23 марта, проделав с юга на север путь в 2200 миль, они покинули Чили.
Их первые впечатления от Перу были определены усталостью: «Наши рюкзаки, казалось, стали тяжелее в сто раз». Глубокой ночью они подошли к крестьянскому дому. Гости представились, объяснив, что они доктора из Аргентины, и двери гостеприимно распахнулись. «Они из страны Перона и Эвиты, где не е..т индейцев так, как у нас», - сказал крестьянин.
С 24 по 31 марта они неторопливо добирались до Куско, посетив предварительно озеро Титикака. Они ели изредка, как придется, ездили в грузовиках вместе с индейцами и скотиной и своими глазами видели расизм и жестокость, присущие местным жителям.
Мир Куско, сохранившийся со времен инкской цивилизации, взволновал Эрнесто. Описывая свои впечатления в дневнике, он выбирал совершенно невероятные слова, пользовался дикими метафорами, и одновременно эти страницы дневника исполнены лиризма. Куско воскрешал иную жизнь, его улицы были покрыты неосязаемой пылью давно минувшей эпохи. Вне всякого сомнения, из глубины души будущего доктора Гевары рвался на свободу археолог. Но если Куско взволновал его, то Мачу-Пикчу просто потряс. Там он собрал данные, которые года через два использует в статье.
6 апреля они покинули археологические раскопки и направились в лепрозорий Уамбо, который был одной из главных целей поездки. На этом этапе путешествия Эрнесто настиг ужасный приступ; несмотря на две инъекции адреналина, к вечеру ему стало совсем плохо. Они провели ночь в полицейском участке. Простерилизовать шприц должным образом не было возможности, и Гранадо очень боялся, что его друг после укола подхватит столбняк - ведь в этом случае Эрнесто скорее всего умер бы. Но все обошлось, а повторная инъекция позволила купировать приступ. «Завернувшись в одеяло, которое принадлежало полицейскому, находившемуся при исполнении служебных обязанностей, я глядел на дождь и курил одну за другой черные сигареты, которые несколько облегчали мою усталость. Я заснул только после того. как рассвело, привалившись к столбу в коридоре».
Путешественники скитались по стране до конца апреля, понемногу подрабатывая лечением людей и наблюдая за жестокими порядками, которые были присуши перуанскому обществу. 1 мая они наконец прибыли В Лиму. «Мы завершили одну из наиболее важных стадий поездки; у нас не было ни цента, ни надежды на то, что удастся вскоре добыть хоть одни, но мы были счастливы».
В Лиме они отправились на встречу с доктором Уго Пессе. Этот клиницист, светило в области изучения проказы и марксист по своим убеждениям, особое внимание уделял исследованию и лечению заболеваний беднейших слоев населения, в первую очередь от малярии и проказы. Пессе очень тепло встретил двоих врачей-путешественников, разделявших его интерес к проказе. По его рекомендации Сорайда Боларте, помощница Пессе, убедила строгих салезианских монахинь, управлявших лепрозорием Гия, позволить двум молодым врачам поселиться на несколько дней в больнице.
