Служба на флоте заставила Можайского узнать труд, воспитала любовь к труду, научила ценить тех, кто трудится. Александр Федорович принадлежал к тем лучшим людям шестидесятых годов - "посредников первого призыва", которые за сухими параграфами канцелярского затона видели живых людей, стремились бесповоротно уничтожить крепостной строй.
Оставаясь помощником посредника, Можайский не был демобилизован из флота. Эта служба явилась всего лишь временным откомандированием, и в 1866 году Александр Федорович стал капитаном второго ранга, а еще через три года его произвели в капитаны первого ранга.
В память о своей посреднической деятельности Александр Федорович получил, как и все мировые посредники и кандидаты, знак для ношения на левой стороне груди.
Проведение реформы закончилось, но Можайский, всегда энергичный и деятельный, не смог превратиться в заурядного владельца провинциальной усадьбы. Его влекла работа, знакомая, привычная, любимая морская служба. И в послужном списке появилась короткая запись:
"1869 года, марта 15. Уволен для службы на коммерческих судах".
На долгие годы расстался Александр Федорович с военно-морским флотом.
Оставив сыновей на попечение бабушки, он уехал из Котельникова на юг России, на службу в недавно организованное Российское общество пароходства и торговли - РОПиТ.
После поражения в Крымской войне, на Черном море не было русских военных кораблей - их потопили, чтобы загородить подступы к Севастополю. Один из пунктов мирного договора, заключенного в Париже, лишал Россию права восстанавливать черноморский флот. Тогда, по предложению адмирала Ф. П. Врангеля, стали строить винтовые, быстроходные торговые пароходы, чтобы обслуживать порты Черного и Средиземного морей.
В августе 1869 года скончался брат Можайского - Николай Федорович, и Александр Федорович поехал на берег Южного Буга помочь наладить дела в поместье скончавшегося брата.
Александр Федорович поселился неподалеку от старинного городка Брацлава, где располагалось поместье брата.
Благодаря своим обширным знаниям, большому опыту, чуткому отношению к людям, Можайский вскоре приобрел всеобщее уважение и любовь. В 1873 году его выбрали почетным мировым судьей Брацлавского округа Подольской губернии.
Годы, проведенные Можайским в Котельникове, а затем на юге России это годы, когда он обдумывал и вынашивал замечательную мысль о создании самолета. Видимо, в этот период он производил уже первые опыты и расчеты, набрасывал первые чертежи будущей модели.
