Катапультирование, возможно, позволило сказать, что лётчик сделал всё, что было в его силах. А может, маршал Вершинин боялся, что с окончательным расходом топлива погибнет пилот.
Тень от катастрофы также бы пала на главкомат ВВС: лётчик-шпион улетел, а своего пилота погубили — к тому времени уже погиб Владимир Карчевский. Сразу же после 9 апреля в Ташкент прибыла многочисленная комиссия — возглавлял её начальник Главного штаба Войск ПВО генерал Пётр Демидов. Аркадий Ковачевич сказал автору очерка, что с ним тогда никто не беседовал. Но перед отлётом в Москву Демидов спросил его: можно ли было перехватить нарушителя? Ковачевич ответил, что нет, пока не готовы — ни системы наведения, ни средства перехвата.
Генерал-полковник в отставке Юрий Вотинцев о событиях, происшедших после 9 апреля рассказал следующее: «Главком Сергей Бирюзов 9 апреля провёл все 6 часов на Центральном командном пункте Войск ПВО. Когда самолёт ушёл, он, не повышая голоса, сказал мне: „За пролёт нарушителя госграницы вас, товарищ Вотинцев, снимут с должности или строго накажут, но вы не теряйте уверенности в себе — у нас в ПВО за одного битого дюжину небитых дают“. А потом прибыла комиссия. Работала она не только в Ташкенте. Были сразу опечатаны несколько РЛС, а старые станции, как я уже говорил, неточно определили высоту, и 8 километров показывали, и 10, и 12, а самолёт шёл на 20. Проводка осуществлялась неровно. Всё это было использовано против нас, как мне думается. На заседании Политбюро Центрального Комитета партии, пользуясь данными проводки, председатель Госкомитета по авиатехнике — министр СССР Пётр Дементьев и генеральный авиаконструктор Артём Микоян заявили: „В мире нет самолётов, которые бы могли 6 часов 48 минут идти на высоте 20.000 метров. Не исключается, что этот самолёт периодически набирал такую высоту, но затем он непременно снижался. Значит, теми средствами противовоздушной обороны, что имелись на юге страны, его должны были уничтожить“. И делался вывод: ответственность за пропуск полностью ложится на Войска ПВО и корпус, которым командует товарищ Вотинцев».
В апреле 1960 года Маршал Советского Союза Родион Малиновский издал приказ по факту нарушения госграницы СССР. В нём давалась строгая оценка действии должностных лиц Войск ПВО и ВВС, командования ТуркВО. Присутствовали там слова «преступная беспечность», «недопустимая расхлябанность» и т. д.
Генерал Юрий Вотинцев и полковник Аркадий Ковачевич, в частности, были предупреждены о неполном служебном соответствии.
