В дальнейшем богословские споры и разногласия относительно новозаветного канона сосредотачивались главным образом вокруг количества канонических книг. Западная Церковь долго колебалась относительно включения в канон Послания к Евреям, поскольку оно не было приписано какому‑либо конкретному апостолу; Восточная Церковь имела некоторые сомнения относительно Книги Откровения. В частности, ее не считали на Востоке канонической, и она не могла использоваться в литургии. В ранних списках Нового Завета часто пропускались 2 Послание Петра, 2 и 3 Послания Иоанна и Послание Иуды. Некоторые книги, которые в настоящее время не включены в канон, пользовались симпатией и принятием определенных частей Церкви, хотя позже они не получили всеобщего признания как канонические. Примерами подобных книг могут послужить 1 послание Климента (раннего Римского епископа, который написал его ок. 96 г.) и Учение двенадцати Апостолов (Дидахе), краткое раннее пособие по нравственности и церковной практике, датируемое 1–й четвертью II в.
Широкое разнообразие наблюдалось и в расположении материала. Еще на ранней стадии было достигнуто согласие о том, что Евангелия должны занимать в каноне почетное место, а за ними должна следовать Книга Деяний Апостолов. Восточная Церковь склонялась к тому, чтобы помещать семь "соборных" Посланий (то есть, Послание Иакова, 1 и 2 Послания Петра, 1, 2 и 3 Послания Иоанна и Послание Иуды) перед четырнадцатью Посланиями Павла, в то время как Западная Церковь помещала Послания апостола Павла непосредственно после Книги Деяний Апостолов, а за ними располагала "соборные" Послания. Канон Нового Завета завершался Книгой Откровения и на Востоке, и на Западе, хотя ее статус некоторое время вызывал споры в Восточной Церкви.
Каковы же были критерии составления канона? Основным принципом представляется признание верующими, а не волевое решение церковных властей. Иными словами, авторитетность данных писаний не была определена произвольным решением; они были признаны как уже обладавшие авторитетом. С точки зрения Иринея Лионского, Церковь не создает канон; она признает, сохраняет и получает каноническое Священное Писание на основании того авторитета, которым оно уже обладает. Представляется, что некоторые ранние христиане считали, что решающее значение имеет апостольское авторство; другие были готовы принять книги, которые такого авторства не имели. Однако, хотя конкретные детали того, как происходил этот отбор остаются неясными, вполне определенно можно сказать, что в Западной Церкви формирование канона было полностью завершено к началу пятого века. Вопрос о каноне не поднимался более вплоть до времен Реформации.
