Не только его отец, священнослужитель Иоанн Иоаннович, но и мать, Мария Николаевна, происходили из духовного сословия. Сильное «религиозное чувство» сформировалось в душе мальчика под влиянием отца и укрепилось в годы учения в духовном училище. Тем не менее, вскоре после поступления в семинарию это чувство быстро стало «улетучиваться». Спустя два года Дмитрий возглавил нелегальный семинарский кружок самообразования, сыгравший определенную роль в бунте калужских студентов-семинаристов 1901 года.
Интересно, что в стенах упомянутого духовного заведения обучались братья самого Дмитрия Ивановича и братья его будущей жены — Ольги Ивановны Сиротиной.
Преподаватели отмечали в юноше выдающиеся способности, но от предложения поступить в духовную академию на казенный счет он наотрез отказался.
Две страсти жили в душе Дмитрия — жажда знаний и стремление к социальной справедливости. И Малинин поступает на историко-филологический факультет Юрьевского университета. Учеба и подпольная деятельность студента, ставшего постоянным библиотекарем и членом ряда студенческих обществ, проходили в Юрьеве, в Калуге, в Козельском уезде. Однако Малинин не вступил ни в какую политическую партию. Он блестяще закончил в 1907 году университет. И еще в студенческие годы выпустил первую серьезную работу: «Что читать по русской литературе XIX века?», выдержавшую два издания с 1906 по 1911 гг.
От администрации Малинину поступило предложение остаться на любой исторической кафедре для подготовки к профессорскому званию… Дмитрий отказался. Он едет преподавать историю и русский язык в гимназиях г. Екатеринослава. В 1908 году Дмитрий Иванович защищает кандидатскую работу, написанную им в основном в деревне, в с. Усты Козельского уезда (!). А годом позже Дмитрий Иванович выходит в отставку и собирается сдавать экзамены на юридический факультет в Юрьев. Однако… приезжает в Калугу и поступает на службу преподавателем казенного реального училища. Здесь он совмещает педагогическую деятельность с интенсивным научным творчеством в области исторического краеведения и активной просветительской работой. Он выпускает книгу о происхождении калужского театра, обратившую на себя внимание в столицах. В том же 1912 году Малинин женится. И в это же время выходит в свет путеводитель по Калуге.
На страницах «Калужского церковно-общественного вестника» публикуется серия малининских работ по истории Смутного времени в Калужском крае. В «Известиях» ученой архивной комиссии (членом и библиотекарем которой Дмитрий Иванович являлся) публикуется ряд его статей. Малинин читает доклады на заседаниях художественного кружка, активно участвует в жизни Общества изучения природы местного края…
