К осени две тысячи шестого года на юге остался вне влияния Судов лишь город Байдоа и то лишь потому, что его обороняли эфиопские миротворцы, а не боевики. Назначенные министрами варлорды — сидели в столице Кении Найроби.
В это же время — Суды начали распространять свое влияние на Пунтланд и отчасти на Сомалилэнд. Дело пошло к объединению страны.
В середине августа силы Организации исламских судов захватили порт Хобио, в 500 километрах от Могадишо выбив оттуда местных полевых командиров. В июле была организованна чистка улиц Могадишо от мусора, накопившегося там годами. Пятнадцатого августа был взят порт Харадере, являвшийся базой морских пиратов, а двадцать пятого августа был открыт для гражданских судов порт Могадишо, до этого закрытый годами.
В ноябре шестого — Суды захватили в Пунтланде город Бандирадли и начали наступление на город Галкайо.
Когда в районе Бандирадли начались бои сил Организации исламских судов и местного полевого командира, бывшего «министра обороны Сомали» то хотя армия Пунтленда послала в этот район свои силы, в соседнем в пограничном городе Галкайо был создан «исламский суд». Прибывший сюда президент Пунтленда одобрил существование этого суда. Делу помешало введение эфиопских войск в этот город.
Организация исламских судов оказывала поддержку сомалийским повстанцам в Огадене, ведших партизанскую войну против Эфиопии, и стала использовать сомалийский национализм для распространения своего влияния вне Сомали — в первую очередь в Эфиопии а так же в Кении. Свыше четырех тысяч добровольцев из Кении вступило в ряды Организации исламских судов в Сомали за жалование четыреста долларов в месяц — отличные деньги по меркам почти любой африканской страны.
Хотя пятого сентября на встрече в Хартуме представителей Переходного правительства и Организации исламских судов было договорено перемирие, оно не соблюдалось. Уже восемнадцатого сентября, глава Переходного правительства Сомали Абдулах Юсуф был подорван смертником, за которым стояла скорее всего Организация исламских судов.
В итоге единственным городом где смогли удержатся до декабря полевые командиры стал город Баидоу, где находился контингент эфиопских войск. Четвертого декабря шестого года Баидоу был окружен, а двенадцатого декабря Организация исламских судов потребовала от полевым командиров, контролировавших город сложить оружие.
В этих условиях, единственной силой, способной противостоять Судам и их влиянию, быстро распространяющемуся уже за пределы Сомали — стала Эфиопия. Армия этой страны была перевооружена новейшим российским вооружением, согласно секретному соглашению — Россия взяла на себя обязательство переподготовить армию Эфиопию для ведения современной войны. В Эфиопию — были направлены бывшие и действующие бойцы российских войск спецназначения, летчики, специалисты по борьбе с партизанской войной. Под давлением США, Эфиопия являвшаяся традиционным противником Сомали, увеличило в декабре численность миротворческого контингента в Сомали до десяти тысяч штыков.
