В это же время — начинается постепенный подъем в стране радикального ислама.
Ислам в Сомали был всегда, но он был настолько перемешан с традиционными религиями и племенными обычаями, что его нельзя было назвать исламом в чистом виде. Первые радикальные группировки — это были Вахда эль-Шабааб эль-Ислам и Джама эт эль-Ислами — появились в стране в шестидесятые, но президент Мохаммед Сиад Барре жестоко преследовал проповедников чистого ислама, и многие его сторонники были вынуждены бежать, в том числе — на Ближний Восток, где обзавелись связями среди исламских радикалов. Эти группировки начнут возвращаться в страну только в середине восьмидесятых, когда Барре решит провести либерализацию — которая и приведет в конечном итоге к войне. Радикалы — сыграют в начале войны немалую роль, ведь она зародится на севере Сомали, оружие восставшим через Красное море будут поставлять именно исламисты.
В условиях полного крушения государственности — одной из минимальных потребностей народа Сомали стала система судопроизводства. Хоть какого-то, позволяющего решать хотя бы мелкие бытовые и семейные споры. Такие суды стали появляться при мечетях: имамы стали разрешать споры как судьи. Потом — у мечетей стали появляться и вооруженные отряды: ведь исламистам Сомали оказывали помощь с Ближнего Востока, для нищей как церковная крыса Сомали это были огромные деньги. Поступающие средства позволили сначала нанимать вооруженные отряды для защиты мечетей от грабителей, потом — эти отряды стали исполнять роль судебных приставов, силой обеспечивающих исполнение решений судов. Одновременно с этим происходил естественный отбор: денежные средства получали только наиболее радикальные имамы, в том числе вернувшиеся из Саудовской Аравии и принявшие там ваххабизм. Так в стране — появился и ваххабизм и первые люди Аль-Каиды…
Первый исламский суд появился еще в девяносто четвертом на севере страны. Второй — в девяносто шестом в городке Белетвейн. Затем суды стали создавать и другие города — в отличие от племенных судов они старались разрешать дела справедливо, пусть и по нормам шариата. Постепенно — суды стали создавать систему образования (медресе при мечетях), здравоохранения, собственную полицию, становиться точками, вокруг которых собирались все, кому нужен был порядок. Суды и те, кто был с ними связан — не делили людей на кланы и племенные группы, в отличие от тех кто вел гражданскую войну — и людям это нравилось. В девяносто восьмом — исламские суды округов Ифка, Халан, Цирколо, Варшадда, Харараале решили объединить свои усилия, договорились о признании решений друг друга и создании объединенной стражи. С этого времени — власть и влияние судов стали быстро расти, людям нужен был хоть какой-то порядок. Уже в девяносто девятом суды контролировали торговлю на восстановленном рынке Бакараха, в июле девяносто девятого — установили посты на дороге из Могадишо в Афгон. В это же время — решением одиннадцати исламских судов была создана Организация исламских судов Сомали. В ее главе стал шейх Хасан Абдулла Херси, выходец из Огадена, провинции Эфиопии где шла гражданская война, а руководителем спецслужб Судов стал Фазиль Абдаллах Мухаммед, активный член Аль-Каиды, участвовавший в боевых действиях в Афганистане, в нападении на эсминец Коул, в терактах у посольств США в Дар-Ас-Саламе и Найроби, в других нападениях.
