Вскоре после ареста Михаила Ходорковского Генпрокуратура РФ начала «генеральное наступление» на ЮКОС, предъявляя все новые обвинения. К маю 2005 года список обвиняемых по делам ЮКОСа превышал уже 30 человек.
Все активы и счета ЮКОСа и его дочерних компаний были заморожены. Средства разрешено было снимать лишь на уплату налогов и зарплаты сотрудникам, все остальное уходило государству в счет долгов. Компания стала постепенно сокращать персонал, через некоторое время прекратила экспорт нефти в связи с отсутствием средств на таможенные платежи. Самая крупная нефтяная компания России начала разваливаться.
Первый судебный процесс над Платоном Лебедевым и Михаилом Ходорковским шел два года. 31 мая 2005 года Мещанский суд Москвы признал Ходорковского виновным и приговорил его к 9 годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии общего режима.
Михаил Ходорковский обвинялся по следующим статьям Уголовного кодекса РФ:
ч. 3 ст. 147 — «мошенничество в крупных размерах, или организованной группой, или особо опасным рецидивистом»;
ч. 3 ст. 33, ст. 315 (ред. № 162-ФЗ от 8 декабря 2003 г.) — «организатор преступления», «неисполнение приговора суда, решения суда или иного судебного акта»;
ч. 3 ст. 160 (ред. № 63-Ф3 от 13 июня 1996 г.) — «присвоение или растрата», «организованной группой», «в крупном размере»;
ч. 3 ст. 165 (ред. N 63-Ф3 от 13 июня 1996 г.) — «причинение имущественного ущерба путем обмана или злоупотребления доверием», «совершенные организованной группой», «причинившие крупный ущерб»;
ч. 2 ст. 198 (ред. № 162-ФЗ от 8 декабря 2003 г.) — «уклонение от уплаты налогов и (или) сборов с физического лица», «в особо крупном размере»;
ч. 3 ст. 33, ч. 2 ст. 199 (ред. № 162-ФЗ от 8 декабря 2003 г.) — «организатор», «уклонение от уплаты налогов и (или) сборов с организации», «группой лиц по предварительному сговору», «в особо крупном размере»;
ч. 3 ст. 159 (ред. № 63-Ф3 от 13 июня 1996 г.) — «мошенничество», «организованной группой», «в крупном размере».
22 сентября 2005 года Мосгорсуд прекратил производство по ряду эпизодов обвинения Ходорковскому и снизил срок наказания до 8 лет лишения свободы в колонии общего режима.
Были осуждены и другие работники ЮКОСа. Так, например, глава службы безопасности ЮКОСа Алексей Пичугин получил 20 лет колонии по обвинению в организации убийств. Далее, в 2007 году Верховный суд РФ отменил приговор Алексею Пичугину, и дело было отправлено на новое рассмотрение в Мосгорсуд. 6 августа 2007 г. Мосгорсуд приговорил Алексея Пичугина к пожизненному заключению. Однако 21 апреля 2008 года свидетели обвинения Геннадий Цигельник и Евгений Решетников заявили, что оговорили Алексея Пичугина под давлением следствия в обмен на поблажки в сроке заключения.
