В период Второй мировой войны памятник серьезно пострадал и единство его композиции было безвозвратно утеряно; фигура ангела была утрачена. По одной версии, немецкие мародеры вывезли ангела в Германию, по другой — ангел был просто разбит осколком разорвавшегося поблизости снаряда. Корпус рубки во время боев за Севастополь получил повреждения от обстрелов. Их видно и сегодня. Эти вмятины, тоже наша история!
В 1990-е годы могила была приведена в порядок севастопольскими любителями истории флота и обнесена корабельной цепью с якорем, перед которым была установлена доска из белого мрамора с надписью «Экипаж пл «Камбала» погиб 29 мая 1909 г.» и перечислением чинов и фамилий всех 12 захороненных здесь черноморских подводников. По состоянию на 31 июля 2003 года на месте мраморной доски установлена пластиковая меньшего размера с надписью «Погибшие на п/л «Камбала» 29 мая 1909 года» и с перечислением фамилий и чинов всех 20 погибших членов ее экипажа. На люке рубки укреплена металлическая пластина с надписью: «Рубка-памятник морякам подлодки «Камбала», погибшим в море 29.05.1909».
Место захоронения поднятого на поверхность тела водолаза Е. Бочкаленко установить так и не удалось.
Кормовую часть «Камбалы» первоначально, для последующего восстановления лодки предполагалось поднять летом следующего, 1910 года. Однако после обследования в доке поднятой носовой части «Камбалы» от восстановления этой подводной лодки ввиду полной его нецелесообразности было решено отказаться, и поэтому кормовую часть поднимать не стали. Как указывалось выше, точные координаты места катастрофы «Камбалы» своевременно определены не были. Согласно одному из архивных документов, примерное «положение затонувшей подводной лодки «Камбала» определяется по углам: на Херсонесский маяк и Херсонесский храм — 115°30′, на Херсонесский храм и Братское кладбище — 35°20′. Место гибели лодки, таким образом, находится почти на створе Инкерманских маяков, в расстоянии 4 кабельтовых от 5-го створа мерной мили». Попытка вторичного обнаружения в 1932 году и последующего подъема кормовой части «Камбалы» не увенчалась успехом. И хотя место гибели лодки было известно достаточно точно, ее так и не нашли. Скорее всего, кормовая часть «Камбалы» к этому времени погрузилась в многометровый ил. Однако почти на том же месте был неожиданно обнаружен корпус другой подводной лодки. Это оказался «Судак», затопленный в 1919 году англичанами, покидавшими Севастополь. Таким образом, останки еще шести погибших членов экипажа этой подводной лодки — Ф. И. Сальникова, К Шамы-Соломенного, Д. Омельченко, И. Лаиока, Т. Парамошкина и И. Богатырева — навечно остались на дне Черного моря.
