В ходе Бугурусланской операции вместо С.С. Каменева командующим Восточным фронтом был назначен А.А. Самойло (бывший командующий 6-й армией, действовавшей на севере). Он, как и его предшественник, был офицером императорской армии, который в 1898 году закончил Николаевскую академию Генерального штаба, участвовал в Первой мировой войне, дослужился до генерал-майора. После октябрьского переворота большевики привлекли его для работы в комиссии по заключению Брестского мира, затем — к командованию войсками. Особого полководческого опыта и заслуг у бывшего генерала не было, авторитетом среди революционных войск он не пользовался, но личные амбиции были высокие.
В командование Восточным фронтом А.А. Самойло вступил, имея собственные взгляды на дальнейший характер военных действий. Планы нового командующего Восточным фронтом существенно отличались от планов бывшего командующего С.С. Каменева. А.А. Самойло и главком И.И. Вацетис недооценивали значение наступления на белебейско-уфимском направлении.
Реализуя свои замыслы, новый командующий фронтом начал через головы командармов вмешиваться в дела отдельных дивизий, отдавая им частные приказания. В результате этого часто возникала путаница: одни приказы перечили другим, постоянно нарушалось управление войсками, нельзя было организовать взаимодействие между отдельными соединениями и частями.
С приходом А.А. Самойло под предлогом противодействия решениям штаба фронта была предпринята очередная попытка отстранить М.В. Фрунзе от командования войсками. В советской исторической литературе этот случай не нашел достаточного описания, но об этом пишет в своем труде преподаватель Военной академии имени М.В. Фрунзе полковник Е.А. Болтин в 1946 году. Он, в частности, отмечает: «Замысел М.В. Фрунзе на наступление отнюдь не соответствовал намерениям штаба фронта. В самый разгар операции, когда победа уже склонялась на сторону Красной армии, враги народа во главе с Троцким пытались отстранить Фрунзе от командования. 5 мая главком шифровкой информировал командующего фронтом об этом намерении и сообщил, что преемником Фрунзе намечен Ольдероге — человек, как оказалось впоследствии, совершенно неспособный справиться с командованием».
И снова за Михаила Васильевича заступились некоторые члены ЦК и лично В.И. Ленин. Л.Д. Троцкому в достаточно категорической форме было указано, что назначение М.В. Фрунзе санкционировалось прежде всего партией, а затем уже вступали в силу соображения чисто военно-операивного характера. Окрыленный этой поддержкой Михаил Васильевич, практически без санкций штаба фронта, дал своим войскам добро на проведение следующей Белебейской наступательной операции.
