В то же время М.В. Фрунзе прикладывал все силы для наведения в войсках армии должного порядка. Он убедительно просил Центр, не отказываясь от проведения частных расследований, не вмешиваться в его работу, доверяя войскам 4-й армии. По этому поводу 6 февраля 1919 года он телеграфировал напрямую председателю ВЦИК Я.М. Свердлову:
«Ввиду безболезненной ликвидации всех событий, имевших место в армии в связи с гибелью тов. Линдова, по тщательном ознакомлении с обстановкой считаю безусловно необходимым произвести специальное расследование особой комиссией из Центра. Только такая комиссия способна дать беспристрастное освещение деятельности Реввоенсовета, штаба армии и частей.
В создании смешанной комиссии, то есть с участием представителей частей, теперь нет надобности. При этом безусловном доверии, которое питают массы к центральной власти, указанное мною решение является наилучшим выходом из положения. Убедительно прошу об исполнении ходатайства. Настроение частей в настоящее время окрепло, армия наступает».
Спустя пять дней М.В. Фрунзе писал Я.М. Свердлову снова:
«Требуются большие персональные изменения. Необходимо тщательное расследование всей деятельности не только мятежных частей, но и всего руководящего персонала армии. В ближайшие недели думаю, что Уральская область будет воссоединена с Советской Россией. Примерно через две недели крайне желательна присылка комиссии из Центра».
О том, как М.В. Фрунзе руководил войсками в бою, позже в своих воспоминаниях напишет Ф.Ф. Новицкий.
«Командный пункт дивизии находился на полпути от Уральска до Щапова. М.В. Фрунзе утром направился туда верхом, хотя это передвижение без должного конвоя не могло считаться безопасным — повсюду рыскали мелкие партии казаков.
По прибытии на командный пункт М.В. Фрунзе узнал, что приказ его о начале наступления ночью выполнен не был. Войска начали наступление на рассвете. Расчет на достижение внезапности не был оправдан.
Первое, на что обратил внимание М.В. Фрунзе, были действия нашей батареи, стрелявшей из-за деревни и не имевшей никаких наблюдательных пунктов. Стрельба велась по карте по площадям, то есть, по существу, бесцельно. Дав соответствующие указания командиру батареи… М.В. Фрунзе прошел вперед к цепям пехоты.
Повсеместно велся ружейный и пулеметный огонь. У нас появились убитые и раненые. М.В. Фрунзе обратил внимание, что некоторых раненых в тыл сопровождало большое количество носильщиков. Михаил Васильевич останавливал такие группы и приказывал здоровым бойцам вернуться в свои части.
