Позже, в советское время, появились статьи различных авторов о том, что восстание Муравьева — одно из звеньев большой цепи драматических политических событий лета 1918 года, организованных левыми эсерами. Возможно, это и правда. Но правда и другое — личные амбиции этого человека были выше партийной дисциплины, а стремление его к большой власти — решающим фактором. Несмотря на это, в некоторых организаторских способностях Михаилу Артемьевичу отказать трудно.
Прежде всего, для улучшения качества управления всеми силами он переместил штаб фронта в Казань. 20 июня 1918 года все действующие на громадной территории советские войска были сведены в четыре армии. 1-я армия (командующий А.И. Харченко) действовала в районе Симбирска, Сызрани и Самары. 2-я армия (командующий В.В. Яковлев) включала в себя соединения уфимского и оренбургского направлений. 3-я армия (командующий Р.И. Берзин) была сформирована из частей, действующих в районе Екатеринбург — Златоуст — Полетаево. 4-я армия (командующий А.А. Ржевский) была образована из соединений, расположенных в саратовском Заволжье.
Значимость Восточного фронта в Москве хорошо понимали. Также понимали, что командующий этим фронтом М.А. Муравьев — фигура временная и очень ненадежная. И понимал это, прежде всего, нарком по военным делам Л.Д. Троцкий, который к тому времени уже достаточно глубоко проникся заботами формирования Красной армии. В русле этой работы он стремился на все ключевые посты в РККА назначать своих людей.
Кадровые перестановки коснулись и Восточного фронта. Вместо А.И. Харченко командующим 1-й армией был назначен М.Н. Тухачевский, незадолго до этого приехавший в штаб фронта из Москвы. Вместо В.В. Яковлева командующим 2-й армией был назначен бывший полковник Ф.Е. Махин. В штабы армий были направлены кадровые офицеры, которые начали формировать оперативные и другие отделы точно по образу и подобию дореволюционной армии. Подобные кадровые перестановки были произведены и во многих соединениях (отрядах).
Между тем командующий М.А. Муравьев развернул борьбу с Реввоенсоветом фронта и политическими комиссарами, которые не поддерживали его полководческих амбиций. По этому поводу он даже жаловался в Москву: «Мои политические комиссары очень недовольны тем восторгом, с каким войска меня встречают. В операции пока не вмешиваются, но уже есть поползновения… Я, подвергающий себя ежедневной опасности, имею, кажется, право на доверие к себе…»
