О времени, поведенном М.В. Фрунзе во Владимирской тюрьме, позже писали только в восторженных выражениях. Говорилось о том, что ему удалось наладить среди политзаключенных партийную агитацию, добиться соблюдения прав и условий содержания узников, организовать посещение родных и передачу с воли записок и книг. Но, вероятнее всего, это было следствием нажима на власти всех уровней, от которых в то время правительство требовало играть с народом в демократию. Правда, роли самого Михаила Васильевича в этом деле это нисколько не умаляет. Он и его товарищ П.Д. Гусев были слишком заметными фигурами среди полосатой братии Владимирского централа.
Следствие подтвердило все обвинения. 27 января 1909 года состоялся суд, который приговорил М.В. Фрунзе и П.Д. Гусева к смертной казни через повешение.
Партийные товарищи развернули широкую кампанию, направленную на спасение М.В. Фрунзе. Под Москвой был найден врач Иванов, который показал, что в день покушения на Перлова Фрунзе был у него на приеме. Одновременно оставшиеся на свободе боевики встретились с единственным свидетелем Перлова, неким Быковым, и под страхом смерти заставили его изменить показания. Для защиты Фрунзе были приглашены опытные адвокаты.
Дело по обвинению М.В. Фрунзе и его товарища П.Д. Гусева было пересмотрено. Но преступление этих людей было налицо. 23 сентября 1910 года по новому судебному процессу обвиняемым вновь был вынесен смертный приговор.
В последующем советские историки напишут много о мужественном поведении Михаила Васильевича после вынесения ему смертного приговора, об активной работе большевиков с целью спасения своего молодого вожака и о многом другом, связанном с этой страницей биографии М.В. Фрунзе. На самом же деле все было намного прозаичнее. За жизнь Михаила Васильевича сражалась не партия, а его сестра — студентка Петербургского женского медицинского института Людмила Фрунзе, которая в начале сентября 1910 года обратилась к профессору М.М. Ковалевскому с письмом следующего содержания:
«Брат мой Михаил Васильевич Фрунзе, студент политехнического института, экономического отделения, 22 сентября этого года был, несмотря на его невиновность в предъявленном ему преступлении, вторично приговорен к смертной казни военным судом в городе Владимире. Теряя всякую надежду на его спасение, я решила обратиться к Вам, не откажите в Вашем ходатайстве перед главнокомандующим войсками Плеве о возможности смягчения его участи. Умоляю Вас дать Плеве от Совета профессоров возможно хорошую аттестацию брата, как студента. Это будет иметь значение при рассмотрении дела главнокомандующим, когда оно поступит к докладу. Не откажите ради бога в своем участии…»
