Для борьбы с восставшими Сиббюро ЦК РКП(б) 12 февраля 1921 года создало при Сибревкоме полномочную тройку в составе председателя Сибревкома И.Н. Смирнова, председателя Сибирской ЧК И.П. Павлуновского и помощника главнокомандующего Вооруженными силами республики по Сибири В.И. Шорина. Тройка начала готовиться к войне с крестьянами по всем правилам военного времени. Ответственность за сохранение железных дорог возлагалась на местных жителей, от которых брали заложников. Кроме того, брали заложников от уездов и деревень. По освобожденным участкам железной дороги двинулись бронепоезда, пехота и артиллерия.
24 февраля части Красной армии, двигаясь навстречу друг другу, соединились в районе станции Вагай. Затем войсковое наступление началось на другие крупные населенные пункты. В занятых населенных пунктах производились массовые расстрелы крестьян. Так, только в Березовском уезде было расстреляно около 200 человек.
Но пламя восстания не унималось. 17 марта восстали жители города Обдорска (ныне Салехарда). Слабо подготовленное, оно было подавлено в течение трех часов. «Пострадали» 125 человек, которых осудили пьяные судьи. 7 апреля красноармейцы заняли Тобольск, захватив в плен около 5 тысяч человек. Сотни пленных были захвачены в других населенных пунктах.
Постепенно пламя народного восстания под ударами регулярных частей Красной армии, частей ВЧК, отдельных коммунистов начало гаснуть. В результате — десятки тысяч убитых и искалеченных крестьян, сотни сожженных и разрушенных сел. С другой стороны погибло не менее 10 тысяч бойцов Красной армии и партийных работников. В целом же восстание в Западной Сибири стоило стране не менее 50 тысяч человеческих жертв, а материальные потери подсчитаны не были.
Ранней весной 1921 года в Саратове снова начались волнения, которые были вызваны недостатком продовольствия и «красным» террором. В волнениях участвовали все слои населения, прежде всего рабочие, продуктовый паек которых был значительно урезан, затем к ним присоединились крестьяне окрестных деревень, хозяйство которых было разорено постоянными насильственными поборами. Доходило до того, что у голодавшей всю зиму крестьянской семьи отбирали последнее зерно, хранившееся для весеннего посева.
Народные выступления быстро набирали силу, вовлекая все новые массы. Вскоре у восставших нашелся лидер — некий бывший красный командир К.Т. Вакуленко, уже имевший опыт руководства восставшими казаками в слободе Михайловка Усть- Медведицкого округа Донской области. После разгрома казачьего восстания Вакуленко с остатками своего отряда прорвался в Поволжье, где вскоре возглавил выступления местных крестьян. Восставшие начали погромы амбаров, где хранилось конфискованное у них зерно, собранное в порядке продразверстки. Такие погромы прошли в Камышинском, Новоузенском и Пугачевском уездах.
