В Бухаре проводилась мобилизация части населения, было налажено получение оружия из-за границы, в городе появились английские военные инструкторы, был организован штаб, которого не существовало раньше. Кроме того, о подготовке к выступлению сообщали лазутчики, которым советское командование щедро платило.
М.В.Фрунзе и его штаб внимательно отслеживали эту подготовку и заблаговременно предпринимали ответные меры. Были усилены гарнизоны на железной дороге, которая вела с территории России к Новой Бухаре, войска получили пополнения в живой силе и материальной части, были восстановлены и проложены новые телеграфные линии.
Кроме прочих, для овладения Туркестаном требовалось разгромить также и семиреченское казачество. Обстановка в Семиречье была очень сложная. В марте 1918 года местное население этой богатой области отказалось признавать советскую власть. Затем туда ушла крупная войсковая группировка атамана Анненкова, отколовшегося от Колчака. Образовался Семиреченский фронт.
К моменту вступления М.В. Фрунзе в командование Туркестанским фронтом войска Семиреченского фронта вяло вели боевые действия. С обеих сторон была низкая воинская дисциплина, солдаты, в большинстве из числа местных жителей, часто дезертировали, а то и переходили на сторону противника, командование имело низкую тактическую подготовку и авторитетом не пользовалось.
2 марта 1920 года М.В. Фрунзе обратился к семиреченским казакам с воззванием, в котором, в частности, писал: «Я, как командующий всеми вооруженными силами Республики в пределах Туркестанского фронта и сам сын Семиречья, именем Российской Социалистической Федеративной Советской Республики объявляю всем казакам, киргизам и прочим, сражающимся ныне против Красной Армии, гарантию полной личной безопасности и забвение всех проступков, совершенных против рабоче-крестьянской России при условии немедленного изъявления ими покорности, сдачи всех запасов оружия и военного снаряжения».
О положении дел в Туркестане 14 апреля 1920 года Михаил Васильевич, в частности, докладывал В.И. Ленину:
«…Последняя заноза на теле фронта — Северо-Семиреченский район — ныне благополучно вынута, и фактически военные операции в более или менее крупном масштабе закончились. Остается еще несколько неликвидированных басмаческих шаек в Фергане и в Ура-Тюбинском уезде (в горах) Самаркандской области, на границах с Бухарой. Но эти шайки по существу своих задач и по методам борьбы являются чисто разбойничьими организациями…
