В лучшей сохранности, чем допожарный архив Московского университета, оказались бумаги канцелярии попечителя Московского учебного округа (ЦГА г. Москвы, ф. 459). Дело в том, что в конце августа 1812 года попечитель П. И. Голенищев-Кутузов, спешно уезжая из Москвы, оставил канцелярию в подвале собственного дома, который затем хотя и пострадал от грабителей, но уцелел при пожаре. В книгах исходящих дел канцелярии Московского учебного округа, которую организовал вместе с созданием самого округа попечитель М. Н. Муравьев, отражались названия и краткое содержание всех официальных писем и документов, проходивших через руки попечителя. В фонде (оп. 11) сейчас хранятся пять книг исходящих дел за 1803–1807 годы, вышедших из канцелярии Муравьева, но отсутствуют аналогичные тома из канцелярий попечителей А. К. Разумовского и П. И. Голенищева-Кутузова, (появляясь вновь только при попечителе А. П. Оболенском). Зная отношение обоих названных попечителей (особенно Голенищева-Кутузова) к канцелярской работе (см. ниже воспоминания канцеляриста М. П. Третьякова), можно предположить, что такие книги при них не велись, а соответствующие дела оказались просто списаны через некоторое время и, таким образом, утрачены для исследователей. Однако и дошедшие до нас канцелярские книги времен попечительства М. Н. Муравьева дают обильный материал по управлению университетом и становлению его деятельности в первые годы университетских реформ, рассказывают о приглашении немецких ученых и поощрении собственных профессоров, которыми с равной энергией занимался Муравьев, о первых шагах университетских ученых обществ и научных журналов, успехах молодых студентов и научных работах заслуженных профессоров этого времени.
С момента основания Министерства народного просвещения в сентябре 1802 года Московский университет вел интенсивную переписку с петербургскими ведомствами этого министерства: собственно Департаментом народного просвещения и Главным правлением училищ. В делах Главного правления училищ (РГИА, ф. 732, on. 1) мы находим документы о служебных производствах в Московском университете, которые должны были проходить здесь обсуждение, — представления к производству в званиях ректора, деканов, ординарных и экстраординарных профессоров, адъюнктов, докторов, магистров и кандидатов, а также канцелярских чиновников университета. Большая часть этих документов дублирует материалы Департамента народного просвещения, поскольку через него поступала на утверждение министру.
