. Каждый университет имел собственное правление и совет (общее собрание членов университета), состоявший из профессоров всех факультетов. Связь между учебным округом и министерством осуществлял попечитель университета, а совет попечителей и других высочайше назначенных лиц составлял Главное правление училищ.
Новая система, по существу, впервые в истории России вводила внутреннюю автономию университетов. Вместо прежнего поста директора, назначаемого сверху, была установлена новая должность — ректор, избираемый общим собранием университета и представляемый Главным правлением училищ через министра народного просвещения на высочайшее утверждение. Ректор возглавляет правление университета и одновременно, через посылаемых им профессоров ежегодно обозревает состояние училищ своего округа, получает донесения от гимназий по учебной и хозяйственной части, о которых докладывает попечителю. В правление университета также входят деканы, выбираемые профессорами по каждому отделению (факультету). Звание профессора устанавливает общее собрание университета по большинству голосов, и далее его утверждает министр по представлению попечителя. Университет получает право присваивать ученые степени, каждая из которых соответствует определенному классу в Табели о рангах. (Кандидаты — 12 класс, магистры — 9 класс, доктора — 8 класс). 8 класс также получали адъюнкты университета, ординарные профессора числились в 7 классе, а ректор, во время пребывания в должности, в 5 классе. Студенты которые по окончании курса наук не получили диплома ученой степени, принимались на службу 14 классом.
Для подготовки учителей приходских и уездных училищ при каждом университете учреждался педагогический институт, куда вступали казеннокоштные студенты, получая степень кандидата; там они совершенствовали свои знания, а затем обязаны были в течение по крайней мере 6 лет прослужить в звании учителя. Университету предоставлялось право суда над подчиненными ему лицами. Важным новшеством, увеличивавшим общественную роль университета, явилась передача ему всех прав цензуры на книги, печатаемые в губернии, где он находится.
Таким образом, принятые правила заложили основу развития системы народного просвещения, поставив ее под четкий государственный контроль, но и наделив значительной внутренней свободой. В соответствии с ними составлялись уставы отдельных университетов, положения гимназий и других училищ, созданием которых занимались попечители учебных округов. Предварительные правила Министерства народного просвещения были разработаны людьми, непосредственно связанными с образовательными учреждениями и заинтересованными в из развитии. Так, Адам Чарторижский, представитель самой влиятельной фамилии в Литве и куратор Виленского университета, желал укрепления и расширения возможностей этого учебного заведения; барон Клингер, друг юности и постоянный корреспондент И. В. Гёте, назначенный куратором в Дерпт, заботился о распространении просвещения в областях с традиционным преобладанием среди образованных слоев остзейских немцев, В. Н. Каразин, будучи сам помещиком Харьковской губернии, явился инициатором создания университета в Харькове, организовав для этого значительные пожертвования местного дворянства. Сановным покровителем Московского университета стал его бывший воспитанник, сенатор М. Н. Муравьев.
