Наконец, документы по университетской истории содержат несколько отдельных коллекций. В так называемом собрании «Погодинских автографов» (РО РНБ, ф. 588) находятся листы с автобиографиями А. Ф. Мерзлякова, М. Т. Каченовского, И. Т. Буле и письмо декана Ф. Г. Баузе к одному из университетских магистров. Подлинные аттестаты, выданные после окончания благородного пансиона и Московского университета поэту М. В. Милонову, хранятся в фонде В. А. Цеэ (РО РНБ, ф. 833, ед. хр. 472–473). Секретное цензурное дело 1805 года из правления университета (возможно, единственное уцелевшее после пожара, поскольку хранилось вместе с университетской кассой) обнаружено нами в фонде Н. С. Тихонравова (ОР РГБ, ф. 298, ч. 4, к. 1, ед. хр. 48), здесь же и несколько копий, сделанных Тихонравовым с погодинского собрания университетских бумаг Муравьева.
Наиболее редкими и уже поэтому ценными являются документы, принадлежавшие студентам тех лет. Образцы табелей, выдававшихся воспитанникам университета, дошли до нас в собрании отдела редких книг и рукописей Научной библиотеки МГУ, а кроме того в 1939 г. здесь была найдена книга регистрации студентов за 1810–1815 гг., с автографами многих русских общественных деятелей, обучавшихся в университете, в том числе А. С. Грибоедова и Н. М. Муравьева. Значительный интерес представляют рукописные студенческие лекции этого времени: два прекрасно оформленных курса лекций Л. А. Цветаева по римскому праву и Н. Ф. Кошанского по эстетике хранятся в отделе письменных источников Государственного исторического музея (ф. 221, ед. хр. 37; ф. 292, ед. хр. 119). Записи лекции Цветаева о «правах знатнейших народов» вел будущий декабрист И. Д. Якушкин (ГАРФ, ф. 279, ед. хр. 3), а его товарищ по учебе М. Я. Чаадаев оставил нам немецкий конспект приватных лекций по новейшим философским системам профессора Буле (собрание Н. К. Пиксанова, Пушкинский дом). Образцы дружеской переписки между дворянами-студентами и воспитанниками благородного пансиона сохранились в фонде Н. Ф. Грамматика (ОР РГБ, ф. 398, письма к нему М. В. Милонова и Д. В. Дашкова частично опубликованы в 1859 г.).
Рассмотрим теперь комплекс опубликованных источников. В первую очередь сюда входят документы учреждений, которые в процессе своей работы были подчинены университету или которым сам университет подчинялся. В рамках возникшей в начале XIX в., структуры Министерства народного просвещения к первым относились гимназии и училища Московского учебного округа, ко вторым — само Министерство народного просвещения. По материалам, поступающим из различных учебных округов России, министерство с 1803 г. выпускало журнал «Периодическое сочинение об успехах народного просвещения», где, в частности, упоминались важнейшие события в жизни Московского университета, публиковались сведения о производстве в ученые должности и научные степени и даже публичные речи некоторых профессоров. Основные документы Министерства народного просвещения в середине 60-х гг. XIX в. были изданы в виде двух сборников: «Сборник постановлений по Министерству народного просвещения» (СПб., 1864), где помещались императорские указы, высочайше одобренные уставы университетов, научных обществ, рескрипты и постановления, касающиеся регулирования основных принципов деятельности учреждений, входивших в структуру министерства, и «Сборник распоряжений по Министерству народного просвещения.» (СПб., 1866), содержавший акты, утверждаемые министром: основные положения устройства гимназий, пансионов и училищ, распоряжения, относящиеся к отдельным учреждениям и чиновникам.
