Председателем Государственного совета был либо сам император Александр, либо один из его членов по назначению председателя. В состав Государственного совета входили все министры, а также ряд высших сановников, назначенных лично императором. Важно отметить, что Государственный совет не создавал законы, а служил лишь совещательным органом при их разработке.
С другой стороны, в 1802 году «верховным местом» Российской империи был объявлен Сенат, который сосредоточил в себе высшую административную, судебную и контролирующую власть.
Изменениям подвергся и Святейший синод, членами которого состояли митрополиты и архиереи. При Александре представители этого высшего духовенства уже не собирались, а вызывались на заседания по выбору главы Синода, которым стал гражданский чиновник в звании обер-прокурора (с октября 1803 года по ноябрь 1817 года это место занимал князь Александр Николаевич Голицын).
Также в 1802 году была начата министерская реформа и вместо прежних коллегий (детищ Петра Великого) было утверждено восемь министерств: иностранных дел, военных сухопутных сил, морских сил, внутренних дел, финансов, юстиции, коммерции и народного просвещения. В частности, первым министром иностранных дел стал граф А. Р. Воронцов, первым военным министром — граф С. К. Вязьмитинов (в 1808 году его сменил граф А. А. Аракчеев), первым министром внутренних дел — граф В. П. Кочубей, первым министром финансов — граф А. И. Васильев и т. д.
Декабрист А. М. Муравьев написал об Александре:
«Чтобы понравиться властелину, нужно быть иностранцем или носить иностранную фамилию».
Однако из восьми первых министров Александра не было ни одного иностранца! Другое дело, что потом «иностранцев» стало гораздо больше: графа А. Р. Воронцова в 1804 году сменил князь Адам Чарторыйский, а потом министрами были А. Я. Будберг и К. В. Нессельроде, военным министром стал М. Б. Барклай де Толли, морским министром — И. И. де Траверсе и т. д.
Тем не менее, как утверждает историк Н. А. Троицкий, «факты свидетельствуют, что царь подбирал себе сотрудников по родству убеждений, личной преданности, способностям, но независимо от их национальности и фамилии».
После издания манифеста «Об учреждении министерств» все дела стали решаться единолично министрами, отчетными перед императором. При этом каждый министр имел заместителя (так называемого «товарища министра») и канцелярию. Министерства подразделялись на департаменты, департаменты — на отделения, отделения — на столы во главе со столоначальниками. Для совместного обсуждения неотложных дел был учрежден Комитет министров.
