И хотя царь Алексей Романов убрал Никона с поста Патриарха в 1658 году, но реформы-чистки и казни продолжал проводить и без Никона. А царь разругался с Никоном потому, что Никона понесло, вернее - вознесло, он «тихим сапом» пытался вознестись выше статуса царя. Вначале Никон пошел дорогою некоторых пап - потребовал от светской власти полного невмешательства в церковные и духовные дела, и вместе с этим хитрый Никон оставлял за собой и следующими патриархами право на свое активное вмешательство в светскую власть. И стал вмешиваться - стал критиковать правительство и царя за то, что они ограничивают Церковь в хозяйственной деятельности, в землепри-обретениях и т.п., то есть - в бизнесе. В ответ царь решил вступить на «территорию» Никона - ввести «министерство по делам Церкви» - Монастырский указ. Это ещё больше возмутило и разъярило Никона. И он публично проповедуя в Успенском соборе Московского Кремля стал рассуждать о главенстве и преимуществе власти Церкви над светской властью, священства над царством. То есть, грамотный Никон вспомнил старую логику христианского «святого» юриста Августина:
«Всякое государство, если оно не служит церкви, является ничтожной шайкой грабителей. Бог вложил в руки церкви меч духовный, а в руки императора - меч светский, который должен служить первому». Церковное государство в российском государстве выросло до такого уровня и набрало такой силы, что решило в очередной раз попытаться главенствовать. Закончилась эта попытка Никона увольнением с должности Патриарха царём, а вселенский собор 1666 года это решение Алексея Романова подтвердил, узаконил; и Церковь в России утихомирила свои амбиции «порулить». Но во главе с царём и новым Патриархом продолжала реформы и борьбу против упорных староверов.
Царские отряды ловили беглецов, устраивали засады и находили поселения в лесной глухомани. А староверы при обнаружении своих поселений - сжигали себя заживо в знак протеста. Сколько тысяч погибло таким образом людей - одному Богу известно. Милюков считал, что около 20 тысяч русских людей покончили свою жизнь самосожжением.
Раскол русского народа Алексеем Романовым и Никоном явно уменьшил уважение людей к церкви.
Как следствие «вознесшегося» царя, жестоких реформ «вознесшегося» Никона и нового жестокого свода законов «Уложения» - народ в большом количестве побежал от господ к вольным людям на Дон, а за ними скакали ловецкие карательные отряды. А у казаков действовала старая традиция - беглых не выдавать. Царь решил наказать казаков - ввёл «экономическое эмбарго», запретил ввозить в этот регион продовольствие. Отношения в стране народа с властью и так были напряжёнными - ведь по причине обесценивания денег в 1662 году произошёл в России Медный бунт.
