В 1960 году зданиям, которые неоднократно перестраивались в XIX, был возвращен древний облик, который они имели в XVIII веке. Архитектурным центром Ипатьевского монастыря служит пятиглавый Троицкий собор с золочеными куполами. Первое здание на этом месте было построено в 1590 году. От него сохранилось трое медных врат, исполненных по заказу Д. Годунова. Створы врат покрыты росписью в технике огневого золочения, сюжеты которой повторяют сюжеты золоченых врат московского Благовещенского собора. На южных дверях помещены изображения античных философов.
В 1649 году годуновский собор рухнул от взрыва хранившегося в его подклетях пороха. В 1650 – 1652 годах было возведено существующее в настоящее время здание. Троицкий храм является типичным монастырским собором XVII века, четырехстолпный, пятиглавый, с закрытой галереей с трех сторон. Внутри храм и галереи расписаны фресками, которые выполнялись в 1685 году живописцами под руководством костромичей Гурия Никитина и Силы Савина. Имена художников написаны в клейме-медальоне на северной стене собора.
Многоярусный резной золоченый иконостас великолепной работы выполнен в 1756 – 1758 годах группой большесольских резчиков. В иконостасе сохранились иконы XVIIи XVIII веков. В целом интерьер Троцкого собора оставляет ощущение виртуозно достигнутого единства архитектуры, живописи и прикладного искусства.
В 1603 – 1605 годах к западу от собора на средства Д. Годунова была построена стенообразная звонница, увенчанная первоначально тремя шатрами. Когда в 1647 году московским мастером Данилой Матвеевым был отлит колокол весом в 600 пудов, для него была возведена особая колокольня, которая представляла собой квадратную башню, пристроенную с севера к основному объему звонницы. Из 19 колоколов, висевших на башне в XVII веке, в 1700 году часть по указу Петра I была перелита на пушки.
В палатах Ипатьевского монастыря расположилась экспозиция Костромского историко-архитектурного музея-заповедника. Рядом с монастырем, в принадлежавшей ему слободе, стоит церковь Иоанна Богослова, сооруженная в 1681-1687 годах. Это типичный памятник верхневолжского зодчества второй половины XVII века, пятиглавый, с высокой шатровой колокольней, украшенной многоцветными изразцами и наличниками с трехзубыми кокошниками. Внутри церковь расписана в 1735 году костромскими мастерами во главе с Федором Логиновым. В иконостасе церкви, выполненном в XIX веке, сохранились иконы конца XV-XVIII веков, в том числе подписанные работы костромских мастеров Ивана Липина и Никиты Вощинина.
