В результате Мюллер привлек внимание Гейдриха, и человек, ещё недавно бывший убежденным антинацистом, вскоре стал одним из его самых беспринципных и раболепных сотрудников. Когда СС стало руководить гестапо, Гейдрих забрал своих сотрудников в Берлин; с каждым разом Мюллеру поручали все более ответственную работу, пока он не стал главой гестапо в штаб-квартире Зипо, получив таким образом пресловутую кличку «Мюллер-гестапо».
Со временем он собрал вокруг себя банду антикоммунистических ищеек, которой впоследствии удалось покончить с «Красной капеллой». Фридрих Панцингер, друг и соратник Мюллера, был командиром дивизии, Карл Гиринг из Мекленбурга — криминалкомиссаром в «коммунистическом» отделе, бывший фармацевт из Алленштайна Хорст Копков создал в гестапо свою собственную службу для борьбы с коммунистическими диверсантами, берлинец Йоганн Штрюбинг специализировался на советских радистах и парашютистах. Из них стало складываться ядро охотников за коммунистическими шпионами.
Решительный прорыв в борьбе с сетью красных агентов обеспечило одно нововведение гестапо. Служба Мюллера создала подотдел «N» (Nachrichten-информационная разведка; представленный в каждом управлении гестапо, он располагал собственными агентами для внедрения в подпольные организации коммунистов. Особенно важным представлялся тот факт, что часть этих агентов действовала за рубежом, главным образом во Франции и Чехословакии, где они нашли способы проникнуть в руководство местных коммунистических организаций.
Постепенно перед Мюллером развернулась картина сплетенной Москвой паутины: курьеры, конспиративные квартиры, резиденты и «почтовые ящики». Гестапо было известно, что родившийся в Новгороде-Волынском Райнгольд Мартин был «советским курьером, нелегально перешедшим 6 августа 1936 года границу Германии, а Лео Рот, член „АМ-аппарата“, почти неизменно „путешествует“ вторым классом экспресса и берет с собой ярко-желтый кожаный чемодан.
Гестапо знало все о „Хуго“: „организатор подпольной коммунистической разведсети в Праге, рост 172–175 см, возраст 30–32 года, черные волосы, зачесанные налево, лоб средней высоты, удивительно голубые глаза, средних размеров, чуть крючковатый нос, красивые полные губы, женственная внешность“.
С такой четкой информацией гестапо вряд ли понадобилось бы много времени для ликвидации подпольной шпионской организации Москвы. В начале 1935 года была уничтожена сеть информаторов ББ на заводах Круппа, в марте произведена облава в штаб-квартире коммунистической партии, в мае схвачен Израэль, местный руководитель ББ, и Карл Тутас, глава АМ в земле Нижний Рейн, а впоследствии Хольцер, функционер ББ в Магдебурге.
