Герцог де Конде попытался свести обе стороны вместе и лично просил Франциска II проявить больше терпимости к гугенотам и созвать Генеральные штаты (ближайший аналог национального парламента, существовавший в то время), но по совету братьев Гизов Франциск арестовал Конде и приговорил его к смерти. Власть Гизов теперь стала невыносимой для всех, за исключением небольшого числа лиц, окружавших короля, и даже внутри этого круга Екатерина Медичи сочла, что уже слишком давно находится в стороне. Сразу после смерти Генриха II она поняла, что у нее нет шансов утвердиться у власти в присутствии братьев Гизов и при их полном контроле над королем, осуществляемом через Марию. Екатерина поняла и то, что не стоит вести войну, которую невозможно выиграть; поэтому она стояла в стороне, наблюдая, как братья укрепляют свою власть и наживают множество врагов. Она сама лично никогда не помогала их врагам — ведь многие из них были гугенотами, а Екатерина была благочестивой католичкой, — но тем не менее вела переговоры с Елизаветой I и Филиппом II Испанским. Филипп, женатый на дочери Екатерины, с беспокойством наблюдал за возраставшими амбициями северного соседа и за французским окружением Англии и был бы рад подрезать Гизам крылья. Если бы удалось убедить Елизавету выступить от имени протестантских лордов Шотландии, с регентством Марии де Гиз там было бы покончено и тем самым возникла бы первая трещина в здании, возведенном могуществом Гизов. Таким образом, католический монарх мог поддерживать протестанта, если того требовали государственные интересы.
К 25 апреля, пробыв королевой меньше года, даже политически наивная Мария осознала, что непримиримость ее дядей может вылиться в потерю Шотландии. Она «горько плакала, приговаривая, что дяди погубили ее». Из самой Шотландии приходили дурные известия. 26 апреля в Эдинбурге Марию де Гиз едва не захватили лорды конгрегации. Венецианский посол Джованни Суриан сообщал, что, получив эти вести, Мария «безостановочно лила горькие слезы и в конце концов слегла от тоски и горя».
10 июня 1560 года, измученная постоянными сражениями с шотландской знатью и угрожавшими ее столице английскими войсками, Мария де Гиз умерла. Ее тело сильно распухло от водянки. В апреле она говорила французскому послу Анри Клётену, сеньору д’Уазелю, ставшему ее главным советником в Шотландии: «Я все еще хромаю, а моя нога распухла. Если нажать на нее пальцем, он проваливается в нее как в масло». Водянка — патологическое скопление жидкости, зачастую являющееся следствием расстройства сердечно-сосудистой системы, и королева-регентша скорее всего умерла от сердечной недостаточности. Ее тело было «одето в свинец» и 19 октября морем отправлено во Францию для похорон в женском монастыре Сен-Пьер в Реймсе, аббатисой которого была ее сестра Рене де Гиз.
