Члены королевской семьи, пожалуй, меньше, чем кто-либо в королевстве, могли рассчитывать на тайну личной жизни, а поскольку их жизнь постоянно интересовала придворных, множились слухи о недомоганиях. Мария была уже взрослой девушкой, и всему двору наверняка был известен ее менструальный цикл, ведь придворные с нетерпением ждали вестей о ее беременности. Уже в декабре Ральф Сэдлер в Шотландии писал: «Ясно, что никаких детей у шотландской королевы не будет».
Мария была настоящим гурманом, и именно тогда Екатерина Медичи познакомила французов с итальянскими кулинарными рецептами, тем самым создав основу того, что мы теперь считаем французской кухней. В то время, однако, вес Марии не давал поводов для беспокойства, он сдерживался подвижным образом жизни и периодически — строгими диетами. Добавьте к этому приступы глубокой депрессии, случавшиеся, когда королеве пытались противоречить, и регулярные обмороки, и периоды постельного режима становятся более понятными. Некоторые из широко разошедшихся слухов о состоянии здоровья королевской четы были явным вымыслом, например слух от 15 ноября о том, что Франциск II заразился проказой; эта сплетня, вероятно, была порождена тем, что король периодически страдал от сильной экземы.
Впрочем, существовали и вполне реальные опасения за здоровье матери королевы, Марии де Гиз, которая серьезно заболела в Эдинбурге, столкнувшись с тем, что, по сути, было гражданской войной с лордами конгрегации. Мария де Гиз призвала в страну французские войска — так как после свадьбы Марии французы получили шотландское подданство, она могла утверждать, и даже не без основания, что эти войска не представляли собой иностранного вторжения, — но проигрывала войну. В феврале 1560 года лорды добились поддержки Елизаветы I благодаря Берикскому договору. Елизавета была только рада помочь людям, которые, вероятно, не всецело поддерживали узурпацию Марией ее титулов и гербов. В Англии поддержка, оказанная Елизаветой лордам конгрегации, стала известна как «Война инсигний». Елизавета «никогда не согласится, чтобы королевство Шотландия оказалось бы связано с Францией иначе, чем сейчас, то есть через брак королевы с французским королем». В начале месяца герцог де Гиз писал сестре, неискренне прося ее вывести французские войска из Шотландии, а когда Мария Стюарт 27 февраля встретилась с Трокмортоном, то попросила уверить Елизавету в том, что она, Мария, ее кузина, будет ей лучшей соседкой, чем мятежники. Утверждение звучит как уловка Гизов. Гизы знали, что их сестра проигнорирует письмо, таким образом позволив Марии Стюарт уверить Елизавету в своей дружбе. Ни Елизавета, ни Сесил не поверили бы столь явному обману, но им должно было польстить то, что Гизам пришлось на него пойти.
