Противостояние гугенотов, или протестантов, и католиков заполнило всю жизнь Марии. Конфликт начался десятилетиями раньше с растущего недовольства народа Римской церковью. Она стала слишком богатой и контролировала все стороны повседневной жизни: от крещения и брака до смерти и похорон. Она управляла всеми школами и университетами, где обучение, как и богослужение, шло на латыни — языке, которого простые люди не понимали. Подобным же образом и Библия оказывалась недоступной для населения и не была переведена с латыни. Месса была таинством, в котором участвовало только духовенство, а миряне являлись лишь благочестивыми свидетелями, взиравшими на него на расстоянии. Доступ на небеса — после подобающего отрезка времени, проведенного в чистилище, — приобретался тоже только при посредничестве духовенства. Святых, однако, считали полиглотами: им можно было молиться везде и на любых языках.
В XIV веке опустошающая волна «черной смерти» унесла почти треть населения Европы, невзирая на пламенные, хотя в целом и бесполезные молитвы церкви. Конфликт по поводу выборов папы вырос в Великую схизму, когда в Риме и Авиньоне сидели соперничавшие папы, каждый из которых утверждал, что только он один изрекает абсолютную и бесспорную истину; при этом оба они обладали властью, лишь пока были полезны их светским хозяевам. В конце XIV века известный английский богослов Джон Уиклиф отверг многие церковные догмы. Он возглавил группу бедных священников, проповедовавших перед народом и шокировавших окружающих тем, что использовали английский перевод Библии. В XIX веке историк Томас Карлайль назвал Уиклифа «глубоким стержневым корнем всего дерева». Хотя Уиклифу позволили спокойно умереть, его чешскому последователю Яну Гусу не повезло — он стал первым мучеником реформатов. Более чем через сто лет голландский ученый Дезидерий Эразм, подобно Уиклифу, смог выжить, несмотря на то, что проповедовал по всей Европе гуманистическое христианство; его приветствовал у себя даже строгий католик-консерватор Томас Мор.
А 31 октября 1517 года в Виттенберге монах-августинец Мартин Лютер потерял последнее терпение, которого у него и так было немного. Популярность его реформ и осуждения порочности папского двора захватила и князей Священной Римской империи, восставших против католического императора Карла V. Поначалу Карл терпимо относился к их требованиям, но в 1529 году отменил свой декрет о терпимости. Князья заявили протест, а участники этого движения получили имя протестантов. Внутри течения неизбежно начался раскол; анабаптисты призывали к обобществлению собственности. Однако, посягнув на право собственности, они зашли слишком далеко и их уничтожили с садистской жестокостью
