Не стоит забывать и тот факт, что Марии первой пришлось править страной, разделенной конфессиональным конфликтом. Официальное принятие протестантизма знаменовало собой только первый шаг в длительном процессе изменения религиозных взглядов шотландцев, и растянулось оно не на одно десятилетие. В результате Мария стала правительницей страны, лишившейся внутреннего единства. Стоит учитывать и то, что принятое в 1560 году в Шотландии кальвинистское учение представляет собой куда более радикальный разрыв с католическим прошлым, нежели англиканская церковь, главой которой являлась Елизавета I. Марии пришлось иметь дело с более сложной, взрывоопасной ситуацией, и она не сумела удержать ее под контролем. Возможно, это не свидетельствует о ее искусстве политика, но поставим вопрос иначе: а кто сумел выполнить эту задачу? Филипп II Испанский долгие годы вел войну с протестантами в Нидерландах, утратив в результате половину унаследованных от отца владений в этой области. Екатерина Медичи, с которой так часто сравнивали Марию Стюарт, и ее сыновья Карл IX и Генрих III также не сумели спасти свою страну от опустошительных Религиозных войн. Возможно, речь идет о том, что представления о святости королевского сана и долге подчинения монарху столкнулись с выработавшимся в годы религиозного противостояния представлением о долге христианина — католика или протестанта, — ставившемся превыше подданства. Столкнувшись с этим, многим европейским монархам пришлось заново постигать премудрости политики, осложнившейся благодаря новому, конфессиональному, фактору.
Мария Стюарт явно не была фанатиком и не мыслила в терминах конфессионального противостояния — в отличие от многих своих противников, включая Сесила. А ее представление о будущем Шотландии было так или иначе связано с другими странами — Францией или Англией. Для современного британца, каковым является Грэм, совершенно очевидно, что проекты соединения Шотландии с Францией являлись предательством национальных интересов, а вот объединение с Англией — совсем другое дело. Однако это не было столь очевидным для европейцев XVI столетия: Шотландию и Францию уже многие века объединял военно-политический союз, а также и многочисленные культурные связи, тогда как англичане для них были врагами, ненавистными завоевателями. Сама возможность мирного сосуществования англичан и шотландцев в одном государстве в XVI веке казалась чем-то невероятным. Таким образом, объединение Шотландии и Франции в рамках одной империи было для людей того времени явлением такого же порядка, что и объединение с Англией, даже, пожалуй, более вероятным. Поэтому подписанные Марией договоры свидетельствуют не о предательстве национальных интересов, а скорее о том, какими эти интересы тогда представлялись.
