С первых дней правления королева повела с Карлом переговоры о своем браке, ибо не мыслила династического союза ни с одной страной, кроме Испании, и избрала себе в супруги Филиппа, сына короля Карла, — ревностного католика, снискавшего себе впоследствии славу самой одиозной и мрачной фигуры в европейской истории этого времени, маниакально-одержимого гонителя протестантов. В отличие от королевы ее совет вовсе не был так уверен в целесообразности англо-испанского союза, опасаясь, что Англия превратится в придаток огромной империи Габсбургов и будет вовлечена в разорительную войну с Францией. Еще меньше его поддерживали подданные, ожидавшие от этого брака нашествия кичливых испанцев, которые станут распоряжаться в их стране. В результате всплеска национально-патриотических чувств, помноженных на опасения протестантов, в январе 1554 года дворянин из Кента Томас Уайатт поднял восстание под антииспанскими лозунгами. Его быстро подавили, но в ходе следствия выяснилось, что мятежники имели сношения с послом Франции и, возможно, с принцессой Елизаветой, которую прочили на престол в случае победы (в сумке гонца, посланного Уайаттом, нашли копию ее письма к де Ноалю). Расследование еще не закончилось, а канцлер королевства епископ Винчестерский Гардинер и испанский посол в один голос потребовали от Марии казнить Елизавету, ибо «эта протестантка опасна и исполнена духа неповиновения» и всегда будет знаменем всех мятежных антикатолических сил.
22 февраля Елизавету привезли в Лондон. На следующий день, в Вербное воскресенье, когда верующие праздновали вступление Христа в Иерусалим, она проделала скорбный путь в Тауэр. Ее отвезли туда по реке, опасаясь, что в Лондоне возбужденная видом принцессы толпа может прийти ей на помощь, и высадили у ворот, которые позднее стали называть «Ворота изменников». Многие входили через них в крепость, чтобы уже никогда не вернуться. Когда-то эти ворота захлопнулись и за ее матерью. Двадцатилетняя принцесса была абсолютно уверена, что видит солнце в последний раз.
Впрочем, солнца не было, день был пасмурным. Выйдя из лодки, Елизавета в изнеможении присела на осклизлый камень у ворот, оттягивая момент, когда они закроются за ней. Комендант Тауэра заботливо предупредил ее, что нехорошо сидеть на холодном мокром камне, и она с печальной улыбкой заметила, что это лучше, чем сидеть в каменном мешке. Никогда она не рассчитывала вступить в Тауэр — древнюю цитадель английских королей — столь бесславно.
