В период правления Юхана III (1568–1592) во взаимоотношениях королевской власти и дворян наблюдалась стабилизация. В 1569 г. король согласился сделать дворянство наследственным, одновременно отвергнув требования увеличить владения, даваемые знати в лен. Введенная при Густаве Васе система наемных чиновников была расширена, так что теперь она включала дворян-администраторов и офицеров. Это укрепило власть Юхана. За мирным фасадом, однако, тлел конфликт, по-настоящему разгоревшийся после смерти последнего в 1592 г. Из-за своего брака и близких отношений с Польшей Юхан подвергся католическому влиянию. В указе о порядке богослужения от 1577 г. он отменил ряд лютеранских элементов литургии. Это вызвало огромное раздражение у протестантского духовенства и у знати, которая вскоре нашла тайного союзника в лице брата короля, герцога Карла.
Питая подлинный интерес к вопросам теологии, Юхан III стал направлять одаренных учеников прямо в католические учебные заведения Германии и Рима. Однако главной причиной экуменизма короля было желание сочетать подобные взгляды с собственной внешнеполитической доктриной, которая предполагала альянс с Польшей с целью ослабления влияния России в Балтийском регионе. Юхан также втайне надеялся сделать своего сына-католика, престолонаследника Сигизмунда, королем шведско-польской унии. Римско-католическая церковь тут же увидела шанс на глобальную контрреформацию всей Северной Европы и в 1576 г. секретно учредила в Стокгольме иезуитский центр. Впрочем, через несколько лет этот центр был рассекречен и расформирован.
Государство, доставшееся Юхану, вело войны с Данией и с Любеком, начиная с 1563 г. Юхану в 1570 г. удалось добиться приемлемых условий мира с датчанами, но тем временем приграничные споры у восточной границы королевства вылились в настоящую войну с Россией. Война на востоке продолжалась с различной интенсивностью двадцать пять лет, завершившись в 1595 г. подписанием Тявзинского мира. По договору Россия отказывалась от использования обширных лесов во внутренней Финляндии и признавала присутствие шведской короны в Эстонии. Впервые граница простиралась до самого Северного моря. России вновь отошло все Приладожье, а также Ингерманландия, где впоследствии был основан Санкт-Петербург.
В результате установления границы план Юхана III сделать северную часть Балтийского моря шведским внутренним морем был почти достигнут. Однако к тому времени самого Юхана уже три года, как не было в живых. Война с Россией потребовала перемещения значительной части военных ресурсов королевства в Финляндию. В 70-х годах XVI в., когда бои стали более интенсивными, практически все налоговые сборы в восточной части королевства шли на военные нужды. Управление экономикой Финляндии было поручено специальному наместнику, полномочия которого были сходны с полномочиями герцога Юхана двадцать лет назад.
