Агрикола также учился у Лютера. В 1539 г. он вернулся на родину и был назначен ректором Абоской кафедральной школы. Через пятнадцать лет он стал абоским епископом. Будучи богословом и священнослужителем, Агрикола оставался приверженцем латыни как языка культуры, а также многих католических традиций; учения о чистилище, соблюдения постов и исповеди. Такое осторожное отношение к традициям было естественным в шведском королевстве XVI в., и в частности в Финляндии, где католическое наследие во многом жило дольше, чем в центральных частях королевства. Новаторскими в наследии Агриколы являются его письменные произведения, в которых, согласно лютеранскому принципу, постулировалось, что единение всякого человека с Богом индивидуально и неопосредованно.
Это убеждение уходит корнями в благочестивые воззрения позднего Средневековья. В них подчеркивалось значение личной веры, а авторитет церкви подвергался сомнению. Лютер учил, что лишь с помощью личной веры можно получить милость Божию. Поэтому каждый христианин должен был сам уметь читать Библию. Это предполагало всеобщую грамотность и закладывало основы для перевода Библии. Каждый подлинный реформатор одновременно являлся переводчиком и просветителем. В Финляндии эту роль играл Микаэль Агрикола, который заложил основы письменного финского языка — прежде всего, своим переводом Нового Завета (Se Wsi Testamenti, 1548). Подобным образом его коллеги в Швеции перевели на шведский язык Новый Завет (1526), а затем и всю Библию (1541), ставшие источниками языковых норм во всей стране, тем самым закрепив нормы шведского языка также в шведскоязычных приморских районах Финляндии.
Перед Агриколой, однако, стояла более сложная задача, чем перед Олаусом Петри, его главным единомышленником в Швеции. Агрикола не мог опереться на письменный финский язык, потому что в то время его просто не существовало. Языком королевской власти и высших сословий в Финляндии до XIX в. был шведский, также общение в этих кругах велось на датском, немецком и французском языках. Международным языком католической церкви была латынь. До реформации в Финляндии никому не приходило в голову издавать на финском языке книги. Поэтому первой книгой, которую опубликовал Агрикола, стал финский букварь (Abckiria, 1543). Вскоре появился молитвенник объемом 900 страниц, с руководством по богослужению на финском языке (Rukouskirja).
Венцом трудов Агриколы явился перевод Нового Завета, который и в наши дни вызывает жгучий интерес у теологов, языковедов и историков. Как Агрикола, так и его безымянные помощники использовали в первую очередь финский диалект, распространенный на юго-западе страны, но также ряд слов и выражений из других диалектов. Такое решение было обоснованным, так как на юго-западе проживала значительная часть оседлого населения Финляндии. Как подчеркивал в предисловии сам Агрикола, им была предпринята лишь попытка создания письменного финского языка. Только спустя много лет, в 80-х годах XIX в., финский язык завоевал достаточный престиж и обрел понятийное разнообразие, чтобы начать конкурировать со шведским в общественной сфере в Финляндии.
