На подходе была и следующая модификация — Ju88C-5 — отличавшаяся от «четвёрки» главным образом резко возросшей мощностью силовой установки. На этом самолёте конструкторы смонтировали новейшие зведообразные двухрядные двигатели воздушного охлаждения BMW801A, развивавшие на взлётном режиме 1600 л. с. и 1380 л. с. на 4600 м, что обеспечило заметный рывок в скоростных характеристиках для этой достаточно тяжёлой — массой свыше 12 тонн — машины. Максимальная скорость нового «ночного охотника» достигла 566–570 км/ч на высоте 6000 м.
Но в этой «бочке мёда» имелась и своя ложка дёгтя. Дело в том, что в большинстве высших германских штабов в то время превалировали наступательные взгляды на способ ведения борьбы, а ночные истребители по своей природе рассматривались как средство защиты. К тому же в ходе «Битвы за Англию», а также вторжения в Советский Союз немецкие бомбардировочные эскадры понесли серьёзные потери, которые требовалось срочно возмещать. Выяснилось также, что количество бомбардировочных частей в составе Люфтваффе абсолютно недостаточно для ведения войны сразу на трёх ТВД. В результате, хотя ежемесячный выпуск дальних ночных истребителей постепенно нарастал, их с трудом хватало даже на возмещение потерь всего лишь двух групп «ночных охотников». Ко всему прочему эти самолёты выпускались в варианте дневных машин и техническому персоналу ночной истребительной авиации в Леёвардене приходилось тратить массу времени на их переоборудование самолётов перед сдачей их в строевые части. Но и туда направлялись отнюдь не все выпускавшиеся самолёты этого типа. Причина заключалась в том, что эти машины также поступали на вооружение штабных подразделений бомбардировочных эскадр и эскадрилий тяжёлых истребителей этих же эскадр. Довольно большой популярностью эти самолёты пользовались у экипажей, воевавших в России.
Но эти достижения уже не имели большого значения, так как в ночь на 11 октября 1941 г. произошло на первый взгляд хотя и неприятное, но вместе с тем довольно тривиальное в практике ночных истребителей событие. Из очередного боевого вылета не вернулся экипаж одного из лучших асов I/NJG2 лейтенанта Ганса Гана. Как удалось выяснить уже после войны, в своём последнем боевом вылете его Ju88C-4 в ходе атаки врезался в заходящий на посадку «Веллингтон Mk.II» из состава 12-й эскадрильи. Почти пустые баки английского бомбардировщика, наполненные парами бензина, детонировали и в клубящейся вспышке взрыва, произошедшего на малой высоте нашли свою смерть оба экипажа.
