Вопрос о несменяемости инквизиторов находился в прямой связи с вопросом об их подчиненности; он вызывал много противоречивых постановлений. В 1244 году Иннокентий IV издал указ, согласно которому провинциалы и генералы нищенствующих орденов имели право смещать, увольнять и замешать всех членов орденов, несших инквизиторские обязанности, — даже в тех случаях, когда они получили полномочия от папы. В июле 1257 года папа Александр IV отнял у них это право, а 9 декабря того же года снова признал его. Последующие папы издавали противоречивые указы, пока наконец Бонифаций VIII не высказался за право смещения; но инквизиторы добились того, что это право применялось в результате судебного решения, и на практике оно свелось к нулю. Правда, существовало три рода преступлений, за которые инквизитора могли отлучить от церкви: 1) незаконное преследование или небрежность в преследовании, вызванные личной враждой или дружбой с подозреваемым; 2) вымогательство; 3) конфискация церковного имущества в качестве наказания духовного лица.
И францисканцы, и доминиканцы прилагали усилия, чтобы добиться от инквизиторов — членов своих орденов — лояльности, но эти попытки пресекались Святым престолом. Инквизиторские полномочия давались папой, и их мог отобрать только папа — инквизиторы в опасении потерять свои места были вынуждены с этим считаться. Изредка, впрочем, папы делали в сторону орденов реверансы. В 1439 году Евгений IV, а в 1474 году Сикст IV подтверждали решения Климента IV, согласно которым инквизиторы могли перемешаться с одной должности на другую генералами и провинциалами своих орденов. В 1479 году Сикст IV распорядился, чтобы все жалобы, возбуждаемые инквизиторами друг против друга, направлялись к генералу ордена.
Следствием этого противоречивого законодательства было то, что инквизиторы подчинялись своим генералам как монахи, но не как инквизиторы; в качестве последних они давали отчет только папе. Их викарии и подчиненные были подсудны только им одним; всякая попытка провинциала устранить кого-нибудь из этих подчиненных расценивалась ими как действие, направленное против инквизиции. Беспорядки, вызванные подобным положением вещей, вынудили Иоанна XXIII вмешаться и объявить, чтобы инквизиторы во всем были подчинены старшим в иерархии ордена. Но прошло совсем немного времени, и инквизиторы, назначенные решениями последующих пап, перестали подчиняться старшим членам своего ордена. Дошло до того, что инквизитор мог начать следствие против старшего по чину.
