Тем не менее существовала общая система розыска и постоянного следствия для раскрытия преступлений, в том числе и ереси. Так как применение этой системы породило инквизицию, нам следует остановиться на ней. Идея правильного розыска нарушителей закона была свойственна как гражданскому, так и каноническому суду. В империи Карла Великого специальные чиновники объезжали империю, собирая справки обо всех случаях беспорядков, преступлений, несправедливости; они имели право суда над мирянами и духовными лицами. Капетинги во Франции приняли аналогичную систему расследования. Следствия против людей, казавшихся подозрительными населению, породили систему Большого жюри — прототипа папской инквизиции в первоначальном виде.
Инквизиция подражала практике, существовавшей с X века: прибывавший в приход епископ избирал из уважаемых людей нескольких, которые давали клятву открыть без страха и лицеприятия все, что они знали или узнают впоследствии о преступлениях или злодеяниях, требующих следствия. Был составлен длинный вопросный лист, которым руководствовались епископы при выборе этих священных свидетелей. В 1184 году в Вероне папа Луций III по настоянию Фридриха Барбароссы с одобрения епископов издал декреталий (постановление в виде послания), в котором потребовал от всех суверенов присяги в том, что они будут помогать церкви в преследовании ереси, и приказал всем архиепископам и епископам или их представителям посещать раз или два в год все приходы, где было малейшее подозрение на существовании ереси; они должны были от нескольких людей хорошей репутации или даже всех жителей получить клятву, что они выдадут всякого подозреваемого в ереси. Все, отказавшиеся дать такую клятву, должны быть осуждены и наказаны как еретики. Прелат должен вызывать к себе подозреваемых и, если они не могут оправдаться, наказывать их по своему усмотрению. Упорствующие еретики, отказывающиеся отречься и вернуться в лоно церкви, а также снова впавшие в ересь после отречения от нее, должны быть переданы в руки светской власти для наказания. Покровителям ереси было отказано в праве быть адвокатами или свидетелями и занимать какую-либо общественную должность.
В Авиньоне в 1209 году собор под председательством папского легата Гуго принял ряд мер, в сущности подтверждавших декреталий папы Луция III. Кроме того, приходских священников обязали присоединиться к мирянам, священным свидетелям или к местным расследователям ереси. Эта система, утвержденная в 1215 году собором в Монпелье, вызвала многочисленные преследования и костры. В 1215 году Латеранский собор еще раз подтвердил инструкции Луция III. Собор решил, что все епископы, которые будут небрежно исполнять свои обязанности, должны быть смещены с кафедр.
