Иногда оба ордена работали совместно. В 1237 году францисканец был присоединен к доминиканцу в Тулузе в надежде, что репутация относительной кротости, которой славились францисканцы, смягчит отвращение населения к новому учреждению. В апреле 1238 года Григорий IX назначил провинциалов обоих орденов в Арагоне инквизиторами этого королевства; то же и в том же году сделал он и в Наварре. В 1255 году францисканский настоятель Парижа был вместе с доминиканским приором поставлен во главе французской инквизиции. В 1267 году оба ордена посылают инквизиторов в Бургундию и Лотарингию; в 1311 году два доминиканца и один францисканец совместно являются инквизиторами в Равенне.
Но все же признали благоразумным строго разграничить юрисдикцию обоих орденов, чтобы предотвратить трения между ними. Так, например, в 1266 году горячая ссора возникла между доминиканцами Марселя и францисканцем — инквизитором этого города. Раздор распространился по всему Провансу — в Форкалькье, Авиньоне, Арле, Бокере, Монпелье и Каркассоне; повсюду францисканцы и доминиканцы публично проповедовали друг против друга и возводили друг на друга всевозможные обвинения. Многочисленные послания Климента IV показывают, что папа был принужден вмешаться в дело; он запрещает на будущее время инквизиторам пользоваться своей властью для взаимных преследований. Но по-видимому, это запрещение соблюдалось не особенно строго, так как два столетия спустя, в 1479 году, Сикст IV был снова принужден запретить инквизиторам привлекать к суду членов соперничавшего с ними ордена. Как ревностно охраняли монахи границы своих территорий, прекрасно видно из спора, возникшего в 1290 году по поводу Тревизо. Эта территория принадлежала доминиканцам, но в течение многих лет обязанности инквизитора исполнял в ней францисканец Филипп Банаккорсо. Когда в 1289 году он получил епископскую кафедру в Тренте, доминиканцы, считавшие, что инквизиторские обязанности в Тревизо будут возложены на них, возмутились, когда их передали опять францисканцу брату Бонаджункта. Ломбардский инквизитор доминиканец брат Пагано и его викарий брат Вивиано зашли так далеко в своем сопротивлении, что в Вероне вспыхнули серьезные беспорядки; в дело вмешался папа Николай IV, лишивший виновных права отправлять их обязанности. Еретики, конечно, с удовольствием смотрели, как их преследователи занимались преследованием друг друга.
Вражда между двумя орденами была настолько сильна, что Климент IV счел необходимым определить, чтобы между их владениями постоянно находилась нейтральная полоса по крайней мере в 3000 футов; распоряжение это вызвало целый ряд всевозможных недоразумений. Возникли даже споры о праве на место в процессиях и при погребениях.
