Все благоприятствовало нищенствующим орденам. Папский двор скоро увидел в них более действенное, чем все прежние, средство для подчинения всех христианских земель Святому престолу; эти ордена были призваны уничтожить независимость местных прелатов, сломить светских врагов папства и стать звеном между народом и наместником св. Петра. Им были предоставлены всевозможные привилегии и льготы, и, наконец, Григорий IX и Иннокентий IV целым рядом булл от 1240 и 1244 годов сделали их совершенно независимыми от местных церковных властей. Древний канон гласил, что отлучение от церкви или анафема могли быть сняты только тем, кто наложил их; этот канон был изменен в пользу нищенствующих монахов. Члены каждого ордена были ответственны теперь только перед своими высшими чинами и в своих бесконечных странствиях по всей Европе могли отныне подрывать могущество и влияние местных духовных властей, противопоставляя им всемогущество Рима, непосредственными представителями которого они являлись.
Отмена подсудности нищенствующих монахов местным судам порождала казусы. Например, когда в 1435 году легаты, посланные Базельским собором, прибыли в Брюнн, чтобы уладить соглашение с гуситами, они застали все население в страшном возбуждении: доминиканский провинциал соблазнил монахиню своего ордена и она только что родила; против же провинциала не было принято никаких мер. Легаты приговорили виновного к лишению сана и к заключению на всю жизнь в тюрьму на хлеб и на воду, но приговор этот не был приведен в исполнение, поскольку было сочтено, что провинциал не подлежит юрисдикции легатов.
Но, как бы то ни было, отныне Святой престол имел в своем распоряжении собственную армию, всецело преданную интересам Рима. В 1241 году Григорий IX дал братьям право свободно жить среди отлученных и принимать от них содержание и пищу. Таким образом, они могли проникать всюду и служить тайными лазутчиками даже во владениях тех, кто был враждебно настроен против папства. Никогда человеческая изобретательность не создавала более грозной силы, ибо монахи были глубоко убеждены в правоте своего дела, а окружавший их ореол высшей святости повсюду обеспечивал им расположение и поддержку народа и давал большое преимущество в постоянных спорах с местными священниками.
Сила новой армии в войне Святого престола с его светскими врагами подверглась испытанию в борьбе пап с Фридрихом II. В 1229 году всех францисканцев изгнали из Неаполитанского королевства как папских лазутчиков, возмущавших подданных императора. В 1234 году в Англии они собирали деньги для папы на продолжение борьбы с Фридрихом. Когда Григорий на Пасху 1239 года отлучил императора от церкви, он поручил донести свой эдикт до народа францисканцам. А когда Лионский собор в 1244 году низложил Фридриха, то огласить это решение было поручено доминиканцам. Фридрих всегда утверждал, что заговор на его жизнь в 1244 году был делом францисканцев, которые тайно проповедовали крестовый поход против него в его же собственных землях. Когда папе разными интригами удалось в 1246 году избрать вместо Фридриха римским королем Генриха Распе Тюрингенского, Иннокентий IV повелел францисканцам всемерно защищать его интересы. В 1248 году братья обоих орденов были снова посланы сеять смуту среди подданных Фридриха. Император ответил на это повелением не изгонять, как прежде, а сжигать нищенствующих. Однако нищенствующие монахи продолжали проповедовать крестовый поход против Фридриха, а после его смерти против его сына Конрада.
