Распределение добычи между властями и инквизицией не подчинялось раз и навсегда определенному правилу. До организации инквизиции, когда были сожжены в Страсбурге вальденсы, их имущество было поровну распределено между церковью и светскими властями. Луций III пытался утроить дело так, чтобы церковь получила исключительное право на доходы от конфискации. Иннокентий IV в своей булле «Для искоренения» 1252 года одну треть предоставлял местным властям, одну треть — служителям инквизиции, а остальное — епископу и инквизитору, с тем чтобы они употребляли эти деньги исключительно на розыск еретиков. Эти предписания были подтверждены Александром IV и Климентом IV. Александр IV в 1260 году приказал инквизиторам Рима и Сполето продавать конфискованное у еретиков имущество и вырученные средства передавать ему самому, и в 1261 году занявший вслед за ним папский престол Урбан IV получил триста двадцать ливров, вырученных от конфискаций в Сполето.
Со временем в Италии установился обычай распределять выручку от конфискаций между общиной, инквизицией и папской канцелярией. Но равными долями эти средства никогда не распределялись, хотя так и было предписано папами; инквизиторы захватывали себе все лакомые куски, тратили доходы от конфискаций на себя лично или раздавали их своим родственникам. В архивах Флоренции сохранилось несколько документов XIV века, подтверждающих это. По-видимому, в 1343 году Климент VI получил доказательства того, что инквизиторы Флоренции и Лукки обманывали папскую канцелярию относительно причитающейся на ее долю третьей части штрафов и конфискаций; вследствие этого он приказал вернуть украденные деньги и возбудить преследование против виновных. Чем кончилось дело, мы не знаем, но, похоже, папа ничего не добился. На место одного из проворовавшихся инквизиторов был назначен уважаемый францисканец Пьетро ди Аквила, который, как считалось, должен был навести во Флоренции порядок, но через два года и он был обвинен в растрате. Вероятно, сама должность инквизитора развращала людей и понуждала их усваивать приемы казнокрадства.
В Неаполе с первого дня установления инквизиции король Карл Анжуйский присвоил себе исключительное право на конфискации. В 1290 году Карл II приказал, чтобы штрафы и конфискации распределялись на три части: одна в пользу королевского фиска, другая — на пропаганду веры и третья — на инквизицию. Исключение сделали для феодальных владений, которые должны были отходить короне или непосредственному сюзерену наказанного еретика. В Венеции в 1289 году соглашение между синьорией и папой Николаем IV, которым республика признавала введение инквизиции, оговаривало, что все доходы святого трибунала будут находиться в распоряжении государства. В Пьемонте конфискации делились между государством и инквизицией. Но уже в первой четверти XIV столетия церкви в Италии удалось присвоить себе все доходы от конфискаций, которые сначала равномерно делились между инквизицией и папской канцелярией. Только в 1438 году Евгений IV предоставил итальянским епископам свою часть. Там, где епископы были одновременно светскими владыками, конфискации распределялись между инквизицией и ними.
