Юридические права инквизиции распространялись не только на еретиков, добровольно отступивших от догматов церкви. Все, кто давал еретикам пристанище, милостыню или покровительство, кто не доносил на них властям или просто не задерживал их, — все эти люди, как бы ни была известна их преданность католицизму, навлекали на себя подозрение в ереси, очиститься от которого они уже не могли никогда. Инквизиторы считали, что еретик может освободиться от ада, если он раскается, исповедует свои грехи священнику и получит от него отпущение грехов. Но отпущение грехов не освобождало от земного наказания.
Епитимии, обычно налагаемые инквизицией, не были очень разнообразны: чтение молитв, посещение храмов, строгое исполнение обрядов, посты, паломничество по святым местам, пожертвования на благотворительность. Были среди них и епитимии унизительные — наиболее позорным считалось предписание носить желтые кресты на одежде. Санбенито — одеяние еретика позднейшей испанской инквизиции — происходит от наплечника с крестами шафранового цвета, который надевали на осужденных, когда в праздники их выставляли у дверей церкви, чтобы своим унизительным видом они предостерегали народ от непослушания инквизиции.
Самое суровое наказание, исходившее от инквизиции, было тюремное заключение. Конфискация же была побочным наказанием и зависела, как и костер, от светских властей. Соборы в Нарбонне и Безье в начале XIII века предписывали временное или пожизненное изгнание еретика из страны, но эта мера наказания применялась редко, она упоминается лишь в приговорах, относящихся ко времени, когда инквизиция только разворачивала свою деятельность.
Хотя церковь и объявляла, что она с радостью принимает в свои объятия заблудших и раскаявшихся еретиков, но тем не менее обратный путь к ней был труден и почти невозможен. Раскаявшийся должен был месяцами и даже годами строго выполнять суровые епитимии, пока инквизитор не находил возможность освободить его от наказания. Еще до основания инквизиции, около 1208 года, св. Доминик обратил одного катара, по имени Понс Рожер, и наложил на него епитимию, текст которой дошел до нас. Она дает ясное представление о том, что считала церковь обязательным условием воссоединения в то время, когда она пускала в ход все средства, чтобы привлечь к себе еретиков, и не прибегала еще, кроме исключительных случаев, к насилию. Подряд три воскресения кающийся должен был являться обнаженным до пояса, и священник бичевал его на пути от городских ворот Тревиля до дверей церкви; он должен был отказаться от мяса, яиц и сыра во все дни, кроме Пасхи, Пятидесятницы и Рождества Христова, а в эти дни, наоборот, ему следовало вкушать все это в доказательство своего отречения от заблуждений. Два раза в год, по сорок дней каждый раз, он должен был воздерживаться от рыбы; кроме того, рыба, а также масло и вино запрещались ему три дня в неделю. Он должен носить монашеское одеяние. Ему предписывалось ежедневно ходить к обедне, а по праздникам и к вечерне; семь раз в день ему следовало молиться и, кроме того, десять раз днем и двадцать раз ночью читать «Отче наш». Он должен соблюдать самое полное целомудрие. Ежемесячно его ждал отчет перед священником, который следил за соблюдением предписаний; и такой образ жизни грешник должен вести до тех пор, пока его не освободят от епитимии. Всякое же нарушение епитимии превращало его в клятвопреступника и еретика.
