Против Собчака неожиданно выступил его заместитель Владимир Анатольевич Яковлев, возглавлявший в мэрии Комитет по управлению городским хозяйством.
«Как я мог проиграть такому заведомо серому и примитивному человеку, как Яковлев? — удивлялся потом Собчак. — Ругал себя за то, что проглядел его, вытащив в правительство с рядовой инженерной должности. Но больнее всего было сознавать отступничество или прямое предательство со стороны многих из тех, кто меня окружал…»
Выборы были назначены на 19 мая 1996 года. Собчак опередил своих соперников, но победить в первом же туре не смог. 2 июня в ходе второго тура за него проголосовало 45,8 процента избирателей. А за его соперника Яковлева — 47,5 процента. Перевес минимальный, но достаточный для того, чтобы сменить Собчака в Смольном.
Яковлев приглашал Путина в свою команду. По одним свидетельствам, Путин публично назвал его иудой и отказался. По другим, бывшие заместители Собчака поужинали и расстались вполне мирно… Но так или иначе Путин уволился из Смольного и ушел в никуда. К Собчаку он навсегда сохранит чувство благодарности, это распространяется и на его вдову Людмилу Борисовну Нарусову, ставшую членом Совета Федерации, и дочь Ксению, чья экстравагантность неизменно сходит ей с рук.
А против бывшего петербургского мэра прокуратура вскоре завела дело по обвинению в коррупции. Генеральный прокурор Юрий Ильич Скуратов сказал министру юстиции Валентину Алексеевичу Ковалеву:
— Мечется Собчак. Не спит, наверное. Да и как заснуть, если за плечами такое…
— А что, собственно, «такое»? — уточнил министр.
— Махинации с квартирами, вывоз цветных металлов за бесценок, сомнительные сделки с сомнительными иностранцами…
Генеральная прокуратура и Министерство внутренних дел (министром был генерал армии Анатолий Сергеевич Куликов) создали совместную оперативно-следственную группу по расследованию коррупции среди должностных лиц мэрии Петербурга. Собчака попытались посадить. Но когда Анатолия Александровича вызвали на допрос в прокуратуру, его жена Людмила Нарусова, невероятно энергичная женщина, договорилась с главным врачом Военно-медицинской академии Юрием Леонидовичем Шевченко, и он госпитализировал Собчака.
Вмешался и Путин, тогда директор ФСБ. Большая следственная группа, присланная из Москвы, собирала материал о взяточничестве среди чиновников питерской мэрии, что само по себе едва ли было приятно Путину. Заручившись согласием Ельцина, благоволившего к былому соратнику по Межрегиональной депутатской группе, Владимир Владимирович сам поехал в Петербург. Под носом у следователей Людмила Нарусова рано утром 7 ноября вывезла Собчака из больницы, доставила в аэропорт и на самолете финской авиакомпании отправила за границу для лечения.
