В то же время идея создания нового просветительского центра в Москве нашла отклик у многих состоятельных людей. Музей был создан на средства основного мецената — хозяина хрустальных заводов во Владимирской губернии Ю. С. Нечаева-Мальцева и на пожертвования многих дарителей, в числе которых был Л. C. Поляков. В ответ на призыв И. В. Цветаева жертвовать в фонд будущего музея Л. C. Поляков сразу откликнулся и в письме от 24 августа 1898 г. сообщил: «Милостивый Государь Иван Владимирович. Вследствие письма Вашего превосходительства от 28-го мая имею честь сообщить, что, сочувствуя полезной цели устройства Музея изящных искусств имени Императора Александра III при Московском Императорском Университете, я изъявил желание пожертвовать сумму в 22 944 рубля на устройство зала № 12 греческой рельефной скульптуры V и VI веков до Рождества Христова». Свое обязательство Лазарь Соломонович выполнил, и его имя было отмечено на стене дарителей музея.
Щедрая благотворительная деятельность Л. С. Полякова была отмечена властями. Он учредил стипендии в Московском университете и железнодорожных училищах страны; за пожертвования на детские приюты был награжден орденом Св. Станислава 2-й степени; 200 000 рублей банкир передал в ведение Министерства внутренних дел, за что был награжден орденом Св. Владимира 3-й степени и по представлению московского генерал-губернатора получил чин действительного статского советника. Несмотря на связи с московской знатью, высокие чины и награды, введение в дворянское сословие, Л. С. Поляков на протяжении 35 лет возглавлял Московскую еврейскую общину и активно содействовал становлению и развитию национальных организаций. На его средства была построена хоральная синагога, открыта больница для бедных евреев; он финансировал работу еврейской школы и ремесленного училища, состоял членом правления благотворительного общества, опекавшего московские тюрьмы, и при его содействии при Центральной пересылочной тюрьме в Бутырках была открыта молельня для евреев. Московская еврейская община опекала заключенных единоверцев, посылала к праздникам кошерные продукты, мацу.
В 1883 г. Л. С. Поляков обратился в городскую управу с прошением о возведении домашнего молитвенного дома; разрешение было получено. Скромное по размерам и внешнему оформлению здание во дворе дома на Тверском бульваре (архитектор — Семен Эйбушитц) стало центром религиозной жизни московской буржуазии и интеллигенции. Здесь в 1914 г. москвичи прощались с Л. С. Поляковым, и над телом покойного раввин Я. И. Мазе сказал: «История русского еврейства не забудет того факта, что среди нас жил человек с высоким умом и благородным движением сердца, служивший примером своим братьям, что можно быть истинным гражданином земли русской и вместе с тем верным подданным престола Б-га Израиля».
