Архимандрит Пафнутий берет чернеца жить к себе в келью и производит в чин черного дьякона. Вскоре Григорий переселяется на патриарший двор. У Патриарха Иова он не только занимался переписыванием церковных книг, но и сочинял каноны святым. Потом Иов будет оправдываться, что приблизил к себе «вора» Гришку лишь «для книжного письма». На самом же деле молодой дьякон благодаря своим способностям вошел в патриаршую свиту, которая окружала главу церкви во время заседаний священного собора и боярской думы.
Вскоре чернец Григорий был обвинен в крамольных речах. Патриарх Иов не стал выручать своего клирика. Попав под следствие, Григорий бежал из Москвы в Польшу, где и произошло его «чудесное превращение» в царевича Лжедмитрия.
Судьба беглого чернеца резко изменилась после 13 апреля 1605 года. В тот день царь «всеа Русии» Борис Годунов скоропостижно скончался в постельных хоромах кремлевского дворца. Причиной смерти явился апоплексический удар. Так не стало противника «царевича Дмитрия» - Григория Отрепьева в войне за «отцовский» престол.
Смута в Российском государстве вышла в своем развитии на новый виток.
Российское государство оставалось без царя три дня. Прямой наследник - царевич Федор Борисович, еще при жизни отца был «сделан сопровителем со званием государь «всеа Русии».
Собравшийся Земский собор, боярство и духовенство во главе с Патриархом Московским и всей Руси Иовом нарекли шестнадцатилетнего Федора на царство. Затем народ: бояре, дворяне, купцы, служилые люди и простой народ вызвали в Кремль, где привели к присяге на верность новому монарху. Православные целовали крест, а иностранцев и иноверцев приводили к присяге на шерсти в соответствии с их вероисповеданием и обрядами.
Династия Годуновых даже во времена Смуты смогла бы удержаться на российском троне. Но царь Федор в шестнадцать лет не имел опыта политической борьбы, которым обладал его отец.
1 июня 1605 года в Москве вспыхнуло восстание. Город быстро, оказался в руках сторонников Лжедмитрия. Восставшие умертвили молодого царя и его мать, а Ксению насильно постригли в монашество и отправили в монастырь.
Патриарх Иов для Лжедмитрия был особо опасной личностью. Кроме того, что святитель очень хорошо знал чернеца Григория, он за все полугодовое пребывание самозванца в России не только не сделал шага к примирению с ним, как поступили многие бояре, дворяне, посадские люди, крестьяне и даже некоторые из числа духовенства, но каждый день настойчиво объяснял всему народу истинную сущность Лжедмитрия как коварного врага России и Православной веры. Не случайно Отрепьев боялся войти в столицу, пока в ней находился Первосвятитель.
