Мария Арбатова появилась на свет в 1957 г. в городе Муроме Владимирской области в семье военнослужащего Ивана Гаврилина, но с годовалого возраста жила в Москве. Она была очень поздним ребенком: «Когда я родилась, маме было 35 лет, а отцу – 47. У него было два сына, я была первая девочка, которая ему обломилась. И все детство он смотрел на меня, как на чудо природы. Я вообще считаю, что успешную женщину делают восхищенные глаза отца. Мой отец умер, оставив меня в 10-летнем возрасте, но, видимо, запаса его любви мне хватило на всю оставшуюся жизнь».
Когда девочке исполнился год, она заболела полиомиелитом. В то время прививки детям практически не делали, и Маша могла остаться прикованной к постели, но «отделалась» хромотой. До пяти лет она жила по больницам и санаториям, где не лечили, а ломали психику: «Это были хирургические опыты на детях в попытке догнать мировую ортопедию. При всем этом я считаю, что полиомиелит меня спас: если бы я осталась дома, то моя активная мама просто задавила бы меня. Она очень одаренная женщина, не давшая себе реализоваться социально».
Мать Маши бросила научную работу и поехала за мужем в провинцию, когда в 1950 г. он, преподаватель марксистско-ленинской философии, «попал в историю» и был переведен из столицы во Владимирскую область. Свою биографию Мария строила на том, чтобы не делать, как мама: «Весь мой феминизм, видимо, отсюда: я видела, как дорого стоит женщине отказаться от самой себя и от своих задатков, как страдают от этого ее близкие, как быстро она перестает понимать подросших детей, как болезненно переносит чужую успешность».
Когда Маша училась в четвертом классе, родители отправили девочку в лечебный специнтернат. В первый же год она прошла там «прописку», как в тюрьме. Дети в интернате были из неблагополучных семей, а она – такая «вундеркиндская», не по годам начитанная девочка, и возил ее папа-красавец в стиле Марчелло Мастроянни. Ее пообещали избить всем классом и назначили время в беседке в лесу. Она пришла туда с гордо поднятой головой: «До последней секунды не представляла, что это может так быть. Я была из другого социального слоя, родители меня никогда пальцем не трогали. И хоть прошло тридцать лет, я отчетливо помню, как меня бьют ногами и костылями, возят лицом по земляному полу беседки. Помню, как захожу в метро, закрывая разбитое лицо шарфом, приезжаю домой, объясняю, что больше никогда не вернусь в интернат. И родители, посовещавшись, говорят, что коллектив не может быть не прав. Этого я не смогла им простить до сих пор».
